Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUW8

TDP1, Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1, humanhuman

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Length 608 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TDP1Q9NUW8 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
TDP1Q9NUW8 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TDP1Q9NUW8 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
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