Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CHMP4AQ9BY43 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CHMP4AQ9BY43 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CHMP4AQ9BY43 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
CHMP4AQ9BY43 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
CHMP4AQ9BY43 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CHMP4AQ9BY43 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
CHMP4AQ9BY43 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC28.91■■■□□ 2.22
CHMP4AQ9BY43 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CHMP4AQ9BY43 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CHMP4AQ9BY43 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CHMP4AQ9BY43 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CHMP4AQ9BY43 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CHMP4AQ9BY43 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CHMP4AQ9BY43 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CHMP4AQ9BY43 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CHMP4AQ9BY43 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CHMP4AQ9BY43 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CHMP4AQ9BY43 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CHMP4AQ9BY43 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CHMP4AQ9BY43 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CHMP4AQ9BY43 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CHMP4AQ9BY43 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
CHMP4AQ9BY43 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC28.85■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC28.85■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC28.84■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC28.84■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CHMP4AQ9BY43 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC28.82■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.81■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms