Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC3Q9BQI4 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
CCDC3Q9BQI4 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC3Q9BQI4 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35 ms