Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC26.1■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC26.09■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC26.05■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms