Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS39Q96JC1 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS39Q96JC1 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23 ms