Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC17.83■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC17.81■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC17.8■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC17.78■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.1 ms