Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.239e-9■■■■■ 34.2
UPF1Q92900 B3GAT3-203ENST00000532585 1534 ntTSL 1 (best)24.69■■□□□ 1.549e-9■■■■■ 34.2
UPF1Q92900 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.539e-9■■■■■ 34.2
UPF1Q92900 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.199e-9■■■■■ 34.2
UPF1Q92900 CAPN12-207ENST00000597716 2198 ntTSL 222.17■■□□□ 1.149e-9■■■■■ 34.2
UPF1Q92900 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.899e-9■■■■■ 34.2
UPF1Q92900 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.579e-9■■■■■ 34.2
UPF1Q92900 C19orf68-203ENST00000614654 3588 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.269e-9■■■■■ 34.2
UPF1Q92900 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC38.68■■■■□ 3.783e-10■■■■■ 34.1
UPF1Q92900 FAM19A5-205ENST00000473898 897 ntTSL 228.59■■■□□ 2.173e-10■■■■■ 34.1
UPF1Q92900 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.573e-10■■■■■ 34.1
UPF1Q92900 PPP1R3B-201ENST00000310455 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.39□□□□□ -0.912e-7■■■■■ 34.1
UPF1Q92900 PAIP2-205ENST00000510080 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.88□□□□□ -0.998e-30■■■■■ 34.1
UPF1Q92900 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC31.1■■■□□ 2.571e-6■■■■■ 34.1
UPF1Q92900 FAM219A-209ENST00000445726 3644 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.031e-6■■■■■ 34.1
UPF1Q92900 FAM219A-206ENST00000379087 3573 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC14.68□□□□□ -0.061e-6■■■■■ 34.1
UPF1Q92900 FAM219A-207ENST00000379089 3624 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC14.42□□□□□ -0.11e-6■■■■■ 34.1
UPF1Q92900 FAM219A-203ENST00000379080 3591 ntTSL 2 BASIC14.27□□□□□ -0.131e-6■■■■■ 34.1
UPF1Q92900 FAM219A-204ENST00000379081 3543 ntTSL 5 BASIC14.19□□□□□ -0.141e-6■■■■■ 34.1
UPF1Q92900 FAM219A-201ENST00000297620 3588 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.171e-6■■■■■ 34.1
UPF1Q92900 NAGPA-207ENST00000563578 1494 ntTSL 327.74■■■□□ 2.038e-8■■■■■ 34.1
UPF1Q92900 NAGPA-213ENST00000568202 1843 ntTSL 524.02■■□□□ 1.448e-8■■■■■ 34.1
UPF1Q92900 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.248e-8■■■■■ 34.1
UPF1Q92900 NAGPA-206ENST00000562746 2260 ntTSL 221.98■■□□□ 1.118e-8■■■■■ 34.1
UPF1Q92900 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.68e-8■■■■■ 34.1
UPF1Q92900 NAGPA-208ENST00000564397 3286 ntTSL 214.57□□□□□ -0.088e-8■■■■■ 34.1
UPF1Q92900 FLOT2-209ENST00000584569 266 ntTSL 320.27■□□□□ 0.844e-10■■■■■ 34
UPF1Q92900 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.74e-10■■■■■ 34
UPF1Q92900 FLOT2-204ENST00000577789 2503 ntTSL 517.7■□□□□ 0.424e-10■■■■■ 34
UPF1Q92900 FLOT2-206ENST00000580805 2679 ntTSL 517.06■□□□□ 0.324e-10■■■■■ 34
UPF1Q92900 FLOT2-201ENST00000394906 2756 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.264e-10■■■■■ 34
UPF1Q92900 FLOT2-210ENST00000585169 2585 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.034e-10■■■■■ 34
UPF1Q92900 KANSL3-204ENST00000420155 5028 ntTSL 1 (best)10.89□□□□□ -0.672e-7■■■■■ 34
UPF1Q92900 KANSL3-201ENST00000354204 5253 ntTSL 1 (best)10.63□□□□□ -0.712e-7■■■■■ 34
UPF1Q92900 KANSL3-206ENST00000431828 5153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.83□□□□□ -0.842e-7■■■■■ 34
UPF1Q92900 KANSL3-218ENST00000487070 4937 ntTSL 1 (best)9.68□□□□□ -0.862e-7■■■■■ 34
UPF1Q92900 KANSL3-208ENST00000447759 5012 ntTSL 59.52□□□□□ -0.892e-7■■■■■ 34
UPF1Q92900 MBD3-206ENST00000589901 740 ntTSL 224.19■■□□□ 1.463e-15■■■■■ 34
UPF1Q92900 VAPB-204ENST00000475243 7936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.92□□□□□ -0.662e-7■■■■■ 34
UPF1Q92900 VAPB-201ENST00000265619 3596 ntTSL 29.06□□□□□ -0.962e-7■■■■■ 34
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UPF1Q92900 NECAP2-201ENST00000337132 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.255e-8■■■■■ 34
UPF1Q92900 NECAP2-202ENST00000443980 1929 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.025e-8■■■■■ 34
UPF1Q92900 NECAP2-207ENST00000496239 4619 ntTSL 212.42□□□□□ -0.425e-8■■■■■ 34
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UPF1Q92900 RAP1GAP-201ENST00000290101 3584 ntTSL 5 BASIC13.5□□□□□ -0.259e-8■■■■■ 34
UPF1Q92900 RAP1GAP-213ENST00000611549 4294 ntTSL 513.49□□□□□ -0.259e-8■■■■■ 34
UPF1Q92900 RAP1GAP-206ENST00000374765 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.59e-8■■■■■ 34
UPF1Q92900 RAP1GAP-205ENST00000374763 3334 ntTSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.529e-8■■■■■ 34
UPF1Q92900 RAP1GAP-212ENST00000542643 3426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.579e-8■■■■■ 34
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UPF1Q92900 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.195e-7■■■■■ 34
UPF1Q92900 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.085e-7■■■■■ 34
UPF1Q92900 FAM57A-204ENST00000570892 677 ntTSL 219.46■□□□□ 0.715e-7■■■■■ 34
UPF1Q92900 FAM57A-203ENST00000570699 2386 ntTSL 219.29■□□□□ 0.685e-7■■■■■ 34
UPF1Q92900 ATG12-208ENST00000509910 4333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.02□□□□□ -1.619e-8■■■■■ 34
UPF1Q92900 CLIP2-207ENST00000487447 564 ntTSL 416.38■□□□□ 0.214e-7■■■■■ 33.9
UPF1Q92900 RHBDD2-207ENST00000468304 803 ntTSL 217.63■□□□□ 0.413e-9■■■■■ 33.9
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UPF1Q92900 INCENP-202ENST00000394818 3964 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.233e-9■■■■■ 33.9
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UPF1Q92900 PLEKHA6-201ENST00000272203 7401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.633e-9■■■■■ 33.9
UPF1Q92900 SLC35A3-202ENST00000370155 2454 ntTSL 519.6■□□□□ 0.739e-8■■■■■ 33.9
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UPF1Q92900 AACS-202ENST00000316543 3115 ntTSL 211.68□□□□□ -0.549e-8■■■■■ 33.9
UPF1Q92900 TBL2-205ENST00000432538 1573 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.061e-11■■■■■ 33.9
UPF1Q92900 PLAU-202ENST00000446342 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.052e-7■■■■■ 33.9
UPF1Q92900 PLAU-201ENST00000372764 2321 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.192e-7■■■■■ 33.9
UPF1Q92900 AC025165.3-201ENST00000471530 679 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.055e-7■■■■■ 33.9
UPF1Q92900 AC025165.3-203ENST00000546504 373 ntAPPRIS P1 TSL 221.45■■□□□ 1.025e-7■■■■■ 33.9
UPF1Q92900 EEF1AKMT3-201ENST00000300209 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.445e-7■■■■■ 33.9
UPF1Q92900 AC025165.3-202ENST00000553083 332 ntTSL 216.11■□□□□ 0.175e-7■■■■■ 33.9
UPF1Q92900 EEF1AKMT3-202ENST00000333012 2762 ntTSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.145e-7■■■■■ 33.9
UPF1Q92900 COX19-202ENST00000457254 1420 ntTSL 223.25■■□□□ 1.316e-8■■■■■ 33.9
UPF1Q92900 GTF3C1-211ENST00000569653 897 ntTSL 220.42■□□□□ 0.863e-8■■■■■ 33.8
UPF1Q92900 GALNT6-202ENST00000543196 5207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.522e-8■■■■■ 33.8
UPF1Q92900 MFSD12-214ENST00000615073 986 ntTSL 329.27■■■□□ 2.282e-7■■■■■ 33.8
UPF1Q92900 MFSD12-203ENST00000398558 1014 ntTSL 229.23■■■□□ 2.272e-7■■■■■ 33.8
UPF1Q92900 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.732e-10■■■■■ 33.8
UPF1Q92900 IVD-209ENST00000497816 1543 ntTSL 1 (best)20.88■□□□□ 0.932e-10■■■■■ 33.8
UPF1Q92900 IVD-211ENST00000559575 295 ntTSL 511.75□□□□□ -0.532e-10■■■■■ 33.8
UPF1Q92900 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.658e-9■■■■■ 33.8
UPF1Q92900 ZDHHC18-204ENST00000488397 1275 ntTSL 217.65■□□□□ 0.428e-9■■■■■ 33.8
UPF1Q92900 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 26e-9■■■■■ 33.8
UPF1Q92900 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.86e-9■■■■■ 33.8
UPF1Q92900 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.236e-9■■■■■ 33.8
UPF1Q92900 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.016e-9■■■■■ 33.8
UPF1Q92900 SYNGR2-204ENST00000589168 2125 ntTSL 220.69■□□□□ 0.96e-9■■■■■ 33.8
UPF1Q92900 SYNGR2-207ENST00000590201 2239 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.346e-9■■■■■ 33.8
UPF1Q92900 TOR1B-204ENST00000488169 516 ntTSL 316.08■□□□□ 0.161e-6■■■■■ 33.8
UPF1Q92900 SYNGR2-209ENST00000592456 3036 nt12.16□□□□□ -0.466e-9■■■■■ 33.8
UPF1Q92900 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.363e-7■■■■■ 33.8
UPF1Q92900 MRPL49-205ENST00000528529 752 ntTSL 323.1■■□□□ 1.294e-8■■■■■ 33.8
UPF1Q92900 CALM1-216ENST00000626705 1341 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.381e-10■■■■■ 33.7
UPF1Q92900 CALM1-206ENST00000553630 1420 ntTSL 522.23■■□□□ 1.151e-10■■■■■ 33.7
UPF1Q92900 ATG13-206ENST00000526485 637 ntTSL 524.79■■□□□ 1.561e-8■■■■■ 33.7
UPF1Q92900 FBXL19-209ENST00000566320 546 ntTSL 524.52■■□□□ 1.529e-7■■■■■ 33.7
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