Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC112Q8NEF3 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC24.7■■□□□ 1.55
CCDC112Q8NEF3 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC112Q8NEF3 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC112Q8NEF3 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC112Q8NEF3 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC112Q8NEF3 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC112Q8NEF3 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC112Q8NEF3 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.1 ms