Protein–RNA interactions for Protein: Q13472

TOP3A, DNA topoisomerase 3-alpha, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TOP3AQ13472 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TOP3AQ13472 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TOP3AQ13472 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TOP3AQ13472 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TOP3AQ13472 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TOP3AQ13472 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TOP3AQ13472 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TOP3AQ13472 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TOP3AQ13472 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TOP3AQ13472 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TOP3AQ13472 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TOP3AQ13472 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TOP3AQ13472 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC20.95■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC20.93■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC20.92■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC20.91■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC20.91■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
TOP3AQ13472 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
TOP3AQ13472 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
TOP3AQ13472 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
TOP3AQ13472 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
TOP3AQ13472 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
TOP3AQ13472 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
TOP3AQ13472 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
TOP3AQ13472 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
TOP3AQ13472 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
TOP3AQ13472 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
TOP3AQ13472 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
TOP3AQ13472 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
TOP3AQ13472 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
TOP3AQ13472 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
TOP3AQ13472 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
TOP3AQ13472 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms