Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC16.39■□□□□ 0.22
COL7A1Q02388 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL7A1Q02388 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15 ms