Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHMT2P34897 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SHMT2P34897 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.1 ms