Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	SAP4	YGL229C	2457 nt		4.95	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	SNA2	YDR525W-A	240 nt		4.95	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	YGL088W	YGL088W	366 nt		4.95	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	SKI6	YGR195W	741 nt		4.95	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	PSR1	YLL010C	1284 nt		4.95	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	YLR402W	YLR402W	192 nt		4.95	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	YOR379C	YOR379C	339 nt		4.95	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	NFI1	YOR156C	2181 nt		4.95	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	FOB1	YDR110W	1701 nt		4.94	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	FHL1	YPR104C	2811 nt		4.94	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	RRB1	YMR131C	1536 nt		4.94	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	ARP10	YDR106W	855 nt		4.94	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	ARG82	YDR173C	1068 nt		4.94	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	SEM1	YDR363W-A	270 nt		4.94	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	YER134C	YER134C	537 nt		4.94	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	YER145C-A	YER145C-A	438 nt		4.94	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	FRA2	YGL220W	363 nt		4.94	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	COA3	YJL062W-A	258 nt		4.94	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	YKL169C	YKL169C	384 nt		4.94	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	YMR030W-A	YMR030W-A	291 nt		4.94	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	MDY2	YOL111C	639 nt		4.94	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	CKA2	YOR061W	1020 nt		4.94	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	RIM15	YFL033C	5313 nt		4.94	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	YEL067C	YEL067C	588 nt		4.93	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	MRPL20	YKR085C	588 nt		4.93	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	YMR114C	YMR114C	1107 nt		4.93	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	GDH2	YDL215C	3279 nt		4.93	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	YMD8	YML038C	1329 nt		4.93	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	LSM6	YDR378C	261 nt		4.92	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	GRX4	YER174C	735 nt		4.92	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	MSA2	YKR077W	1092 nt		4.92	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	YMR086C-A	YMR086C-A	339 nt		4.92	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	COX11	YPL132W	903 nt		4.92	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	RER1	YCL001W	567 nt		4.92	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	RTC1	YOL138C	4026 nt		4.92	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	DNF2	YDR093W	4839 nt		4.92	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	UBA2	YDR390C	1911 nt		4.91	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	AAD4	YDL243C	990 nt		4.91	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	AIM7	YDR063W	450 nt		4.91	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	EDC1	YGL222C	528 nt		4.91	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	YGL262W	YGL262W	528 nt		4.91	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	YJR085C	YJR085C	318 nt		4.91	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	FES1	YBR101C	873 nt		4.91	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	GSH2	YOL049W	1476 nt		4.91	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	SET4	YJL105W	1683 nt		4.91	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	DPB4	YDR121W	591 nt		4.9	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	YGL185C	YGL185C	1140 nt		4.9	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	PDE1	YGL248W	1110 nt		4.9	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	YKL107W	YKL107W	930 nt		4.9	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	ADD66	YKL206C	804 nt		4.9	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	SPO19	YPL130W	672 nt		4.9	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	MIF2	YKL089W	1650 nt		4.89	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	NGL2	YMR285C	1548 nt		4.89	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	CPR4	YCR069W	957 nt		4.89	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	RSM10	YDR041W	612 nt		4.89	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	MFA2	YNL145W	117 nt		4.89	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	MAK3	YPR051W	531 nt		4.89	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	VAN1	YML115C	1608 nt		4.89	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	TAF5	YBR198C	2397 nt		4.89	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	IMA1	YGR287C	1770 nt		4.88	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	NOP2	YNL061W	1857 nt		4.88	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	TMA17	YDL110C	453 nt		4.88	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	UIP3	YAR027W	708 nt		4.88	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	YNL234W	YNL234W	1281 nt		4.88	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	PPG1	YNR032W	1107 nt		4.88	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	YHR182W	YHR182W	2358 nt		4.88	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	SED4	YCR067C	3198 nt		4.88	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	THS1	YIL078W	2205 nt		4.87	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	IXR1	YKL032C	1794 nt		4.87	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	MED2	YDL005C	1296 nt		4.87	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	FLO8	YER109C	2400 nt		4.87	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	SMP1	YBR182C	1359 nt		4.87	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	FKH1	YIL131C	1455 nt		4.87	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	GSY1	YFR015C	2127 nt		4.87	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	RAD28	YDR030C	1521 nt		4.87	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	YTA12	YMR089C	2478 nt		4.86	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	RPS16B	YDL083C	432 nt		4.86	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	CNB1	YKL190W	528 nt		4.86	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	YNL143C	YNL143C	393 nt		4.86	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	YOL050C	YOL050C	321 nt		4.86	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	RRP40	YOL142W	723 nt		4.86	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	FRE3	YOR381W	2136 nt		4.86	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	YPL073C	YPL073C	486 nt		4.86	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	PAF1	YBR279W	1338 nt		4.86	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	OMS1	YDR316W	1416 nt		4.86	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	MAL13	YGR288W	1422 nt		4.86	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	STE7	YDL159W	1548 nt		4.86	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	TFG1	YGR186W	2208 nt		4.85	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	PHM7	YOL084W	2976 nt		4.85	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	ERV14	YGL054C	417 nt		4.85	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	YCL012C	YCL012C	405 nt		4.85	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	GCR2	YNL199C	1605 nt		4.85	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	MPP10	YJR002W	1782 nt		4.85	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	GIP1	YBR045C	1920 nt		4.85	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	ATG1	YGL180W	2694 nt		4.85	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	MSC2	YDR205W	2175 nt		4.84	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	ZPR1	YGR211W	1461 nt		4.84	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	YFT2	YDR319C	825 nt		4.84	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	PFA5	YDR459C	1125 nt		4.84	□□□□□ -1.63
SHP1	P34223	GRE3	YHR104W	984 nt		4.84	□□□□□ -1.63

Retrieved 100 of 7,029 protein–RNA pairs in 15.5 ms