Protein–RNA interactions for Protein: P31431

SDC4, Syndecan-4, humanhuman

Predictions only

Length 198 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC4P31431 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SDC4P31431 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SDC4P31431 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
SDC4P31431 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
SDC4P31431 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
SDC4P31431 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
SDC4P31431 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
SDC4P31431 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SDC4P31431 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SDC4P31431 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
SDC4P31431 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SDC4P31431 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
SDC4P31431 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SDC4P31431 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SDC4P31431 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SDC4P31431 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SDC4P31431 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SDC4P31431 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SDC4P31431 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
SDC4P31431 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SDC4P31431 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SDC4P31431 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SDC4P31431 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SDC4P31431 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SDC4P31431 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SDC4P31431 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SDC4P31431 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SDC4P31431 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SDC4P31431 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SDC4P31431 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SDC4P31431 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SDC4P31431 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SDC4P31431 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SDC4P31431 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SDC4P31431 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SDC4P31431 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SDC4P31431 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SDC4P31431 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SDC4P31431 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SDC4P31431 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SDC4P31431 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC4P31431 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC4P31431 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC4P31431 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC4P31431 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC4P31431 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC4P31431 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC4P31431 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC4P31431 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC4P31431 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC4P31431 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC4P31431 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC4P31431 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC4P31431 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC4P31431 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC4P31431 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC4P31431 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC4P31431 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC4P31431 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC4P31431 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC4P31431 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC4P31431 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC4P31431 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC4P31431 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC4P31431 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC4P31431 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC4P31431 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC4P31431 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC4P31431 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC4P31431 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC4P31431 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC4P31431 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SDC4P31431 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SDC4P31431 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SDC4P31431 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SDC4P31431 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SDC4P31431 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SDC4P31431 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SDC4P31431 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SDC4P31431 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
SDC4P31431 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
SDC4P31431 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
SDC4P31431 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SDC4P31431 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SDC4P31431 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SDC4P31431 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SDC4P31431 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SDC4P31431 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SDC4P31431 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SDC4P31431 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SDC4P31431 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SDC4P31431 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SDC4P31431 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SDC4P31431 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SDC4P31431 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
SDC4P31431 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SDC4P31431 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SDC4P31431 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SDC4P31431 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SDC4P31431 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms