Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC17.44■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
HOXD3P31249 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD3P31249 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms