Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL6A3P12111 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms