Protein–RNA interactions for Protein: P01375

TNF, Tumor necrosis factor, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFP01375 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TNFP01375 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TNFP01375 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TNFP01375 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
TNFP01375 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
TNFP01375 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
TNFP01375 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TNFP01375 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TNFP01375 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TNFP01375 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TNFP01375 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TNFP01375 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TNFP01375 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TNFP01375 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TNFP01375 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TNFP01375 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
TNFP01375 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TNFP01375 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
TNFP01375 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TNFP01375 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TNFP01375 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TNFP01375 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TNFP01375 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TNFP01375 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
TNFP01375 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TNFP01375 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
TNFP01375 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TNFP01375 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TNFP01375 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
TNFP01375 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TNFP01375 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TNFP01375 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TNFP01375 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TNFP01375 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TNFP01375 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TNFP01375 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TNFP01375 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
TNFP01375 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
TNFP01375 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
TNFP01375 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
TNFP01375 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TNFP01375 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TNFP01375 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TNFP01375 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TNFP01375 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TNFP01375 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TNFP01375 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TNFP01375 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TNFP01375 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TNFP01375 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
TNFP01375 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TNFP01375 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TNFP01375 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TNFP01375 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TNFP01375 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TNFP01375 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TNFP01375 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFP01375 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFP01375 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFP01375 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFP01375 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFP01375 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFP01375 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFP01375 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFP01375 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFP01375 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFP01375 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TNFP01375 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TNFP01375 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TNFP01375 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TNFP01375 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TNFP01375 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TNFP01375 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TNFP01375 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TNFP01375 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TNFP01375 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TNFP01375 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TNFP01375 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TNFP01375 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFP01375 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFP01375 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFP01375 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFP01375 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFP01375 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFP01375 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFP01375 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFP01375 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFP01375 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFP01375 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFP01375 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFP01375 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFP01375 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFP01375 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFP01375 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TNFP01375 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TNFP01375 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TNFP01375 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TNFP01375 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TNFP01375 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TNFP01375 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.9 ms