Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 CDK3-201ENST00000425876 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AL845321.1-202ENST00000432011 786 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 LINC00665-203ENST00000438368 1863 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AL035588.1-201ENST00000438967 408 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 C14orf178-202ENST00000439131 632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 CDK3-202ENST00000448471 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 METTL21A-209ENST00000448823 869 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 XXYLT1-AS1-201ENST00000458531 431 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 PRICKLE2-AS1-203ENST00000476308 623 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AC002310.2-201ENST00000486926 950 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 FBXO4-206ENST00000509134 1284 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 LY6E-204ENST00000519546 971 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 BEST1-205ENST00000526988 1263 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 ESRRB-207ENST00000556177 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AC138761.1-201ENST00000584393 385 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 MARCH2-206ENST00000601283 747 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AP001002.3-201ENST00000623482 206 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 FP236240.1-202ENST00000624019 601 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 ABI2-201ENST00000261016 6634 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 ABI2-203ENST00000261018 6638 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 EIF4G1-219ENST00000435046 4668 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 SSTR5-AS1-204ENST00000569832 2864 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 SLC7A7-201ENST00000285850 2263 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 LMBR1-201ENST00000353442 7997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 APBB3-202ENST00000356738 1804 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 TBX6-202ENST00000395224 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 BRWD1-201ENST00000333229 10141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 POPDC2-201ENST00000264231 1679 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 ZFAND3-201ENST00000287218 3366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AC012435.1-201ENST00000563287 3385 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 MSTO1-202ENST00000368341 2245 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 TRIM11-204ENST00000493030 5774 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 XPO7-201ENST00000252512 4861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 INCENP-202ENST00000394818 3964 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AL138725.1-201ENST00000407347 1314 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 MAP2K4-201ENST00000353533 3826 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AAAS-202ENST00000394384 1703 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 PRR26-202ENST00000441152 2251 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 POM121L14P-201ENST00000406100 1558 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 TUBGCP4-201ENST00000260383 2617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 SPEM1-201ENST00000323675 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AL391647.1-201ENST00000395664 511 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 U52111.1-201ENST00000434284 914 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 LINC01160-201ENST00000441004 768 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AC147067.1-201ENST00000466692 579 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 FAM86LP-201ENST00000478302 853 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 RPL13AP25-201ENST00000484130 612 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 GIMAP3P-201ENST00000495150 836 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AC069120.2-201ENST00000524091 540 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AC239800.4-201ENST00000603712 296 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 RPP40-207ENST00000618533 1056 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 CBR3-AS1-216ENST00000624883 564 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 DLX4-206ENST00000611342 1662 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 CLIC5-208ENST00000544153 2051 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 STK3-218ENST00000617590 2485 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 UNK-205ENST00000589666 3925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 HSD17B6-201ENST00000322165 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 SFI1-208ENST00000432498 4162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 TUBB8-206ENST00000568584 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 SCLT1-204ENST00000503215 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 OTUB1-206ENST00000535715 1391 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 CCNE2-205ENST00000520509 3330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 PHF21B-201ENST00000313237 3671 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 ZNF419-202ENST00000347466 3654 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 NEDD1-213ENST00000557644 2367 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 BIRC5-202ENST00000350051 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 RAB37-204ENST00000392613 2617 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 SELPLG-201ENST00000228463 1704 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 IFT88-202ENST00000351808 2856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 PSAP-202ENST00000394936 2872 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 NRDC-202ENST00000354831 3895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 ZDHHC11B-204ENST00000622126 1301 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 GMEB2-203ENST00000370077 4223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AC009474.1-201ENST00000455096 1565 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 APBB1-220ENST00000609331 1574 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 TRIM23-202ENST00000274327 1829 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 SEMA3F-201ENST00000002829 3802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 GLRX3-202ENST00000368644 3827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AC015712.6-201ENST00000431060 5068 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 ADCYAP1R1-207ENST00000614107 6575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 MPLKIP-201ENST00000306984 7668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 KCNMA1-291ENST00000640834 3664 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 ADD2-202ENST00000355733 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AL162431.2-201ENST00000358073 2424 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 RHPN1-AS1-201ENST00000518049 1918 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 RAB37-216ENST00000613645 1653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 SLC46A1-208ENST00000618626 5363 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 ACTN1-204ENST00000438964 3043 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 NCS1-201ENST00000372398 4991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 RIMBP2-201ENST00000261655 6321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 TMEM173-201ENST00000330794 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AOC1-204ENST00000467291 2857 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 NCR3-201ENST00000340027 1042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 SNRPC-202ENST00000374017 1054 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 ALPP-201ENST00000392027 2971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 GABARAPL1-202ENST00000421801 855 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35 ms