Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 CALCB-203ENST00000533448 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
HDAC4P56524 AL357054.3-201ENST00000607084 2055 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
HDAC4P56524 AC011474.4-201ENST00000623523 2076 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
HDAC4P56524 MSR1-201ENST00000262101 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
HDAC4P56524 DDC-213ENST00000617822 1809 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0.01
HDAC4P56524 C2orf68-201ENST00000306336 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
HDAC4P56524 WDR5-201ENST00000358625 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
HDAC4P56524 BEAN1-201ENST00000299694 2160 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
HDAC4P56524 GAD2-203ENST00000376261 5858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
HDAC4P56524 SELENON-203ENST00000374315 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
HDAC4P56524 TUBA3D-201ENST00000321253 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
HDAC4P56524 CNBP-208ENST00000504813 1549 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
HDAC4P56524 RSPH9-202ENST00000372165 2586 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 PPIL2-202ENST00000398831 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 PRKAB1-201ENST00000229328 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 APBB1-203ENST00000389906 2684 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 SUOX-202ENST00000356124 2306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 ABR-205ENST00000544583 5595 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 RPS3-201ENST00000278572 907 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 HIST3H3-201ENST00000366696 481 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 ZNF248-202ENST00000374648 1286 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 APOC3-202ENST00000375345 604 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 APOA2-204ENST00000464492 530 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 HLA-J-204ENST00000495278 958 ntBASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 AC011773.1-201ENST00000520129 468 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 ADIG-204ENST00000537425 770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 AC124068.2-202ENST00000562356 612 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 AC124068.2-201ENST00000569473 1109 ntBASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 AP005264.1-201ENST00000586226 733 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 AC007663.3-201ENST00000609632 465 ntBASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 ARL16-215ENST00000622299 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 DDX5-235ENST00000630471 473 ntTSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 ALDH1A3-202ENST00000346623 3104 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 DRC3-203ENST00000399187 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 KDM2B-205ENST00000536437 2762 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 SRC-202ENST00000373558 4304 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 SPIN2A-201ENST00000374906 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 ARAP1-203ENST00000393605 4778 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 ADAMTS7P1-201ENST00000613213 4793 ntBASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 UHRF1BP1L-201ENST00000279907 5168 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 ITGB4-203ENST00000450894 5645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 PLIN4-202ENST00000633942 6484 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 MAGEA4-202ENST00000360243 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 MAGEA4-203ENST00000370335 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 MAGEA4-204ENST00000370340 1773 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 CLN8-204ENST00000519254 1769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 KBTBD12-202ENST00000405109 5727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 INPP5E-201ENST00000371712 3394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 HSDL2-202ENST00000398805 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 RASA3-201ENST00000334062 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 RSBN1-204ENST00000612242 6592 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 EVA1A-202ENST00000393913 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 RBPMS-202ENST00000320203 3110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 ZNF663P-201ENST00000400371 2722 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 RMND1-205ENST00000622845 1484 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 MLX-202ENST00000346833 2334 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HDAC4P56524 TICRR-202ENST00000560985 6656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 POLL-204ENST00000370168 1536 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 PRSS30P-201ENST00000390681 2881 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 ARVCF-203ENST00000406259 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 SLC38A9-202ENST00000396865 2927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 OR3A2-205ENST00000641164 2033 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 SLIT1-201ENST00000266058 7925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 PRKN-204ENST00000366896 2514 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 CEP135-202ENST00000422247 2092 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 PRC1-204ENST00000442656 2060 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 TDRD12-202ENST00000444215 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 LONP1-202ENST00000540670 3002 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 CAMK2D-204ENST00000394522 2696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 NTRK3-AS1-201ENST00000569588 2663 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 SLC25A35-201ENST00000380067 2785 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 COX8C-201ENST00000342144 533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 UBE2T-201ENST00000367274 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 KRTAP2-4-201ENST00000394015 764 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 GTF2A2-205ENST00000396064 633 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 IP6K2-205ENST00000413298 792 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 AL391119.1-201ENST00000416563 271 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 AL009181.1-201ENST00000418471 1085 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 AL157902.1-202ENST00000425010 763 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 RBM24-203ENST00000425446 1034 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 UBE3A-204ENST00000438097 8939 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 SNHG12-210ENST00000483436 682 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 GTF2A2-208ENST00000484743 408 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 FAM8A2P-201ENST00000528813 1142 ntBASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 NAA40-206ENST00000542163 1035 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 TUBB8-202ENST00000562809 820 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 AC008805.1-201ENST00000590892 364 ntBASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 AC091271.1-201ENST00000611877 1162 ntBASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 ABBA01031663.1-201ENST00000635630 790 ntBASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 RCAN2-203ENST00000371374 3327 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 KCP-206ENST00000613019 4853 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 HNRNPH3-201ENST00000265866 2339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 CDH23-202ENST00000299366 3954 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 CTSW-204ENST00000528419 1341 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 RNF167-201ENST00000262482 1915 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 NOX5-203ENST00000448182 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 DIRAS3-201ENST00000370981 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 EVL-201ENST00000392920 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 SGCE-204ENST00000428696 1409 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HDAC4P56524 BIN3-205ENST00000519513 1431 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.4 ms