Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 GRHL1-202ENST00000405379 1881 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 APBB3-201ENST00000354402 1810 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AL365181.1-201ENST00000564032 1828 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 SERF1B-204ENST00000506542 1666 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 TMBIM6-203ENST00000423828 3254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC008620.2-201ENST00000510294 1569 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AKT1-214ENST00000555528 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 MAGEH1-201ENST00000342972 1462 ntAPPRIS P1 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 SAFB-205ENST00000588852 2842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 NPRL3-201ENST00000399953 2784 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 METTL6-202ENST00000383790 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 DFNA5-201ENST00000342947 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 LINC01215-201ENST00000607746 2592 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 PLAC9-203ENST00000372270 534 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 CCL24-202ENST00000416943 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AP001596.1-201ENST00000429340 781 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 HDAC2-AS2-203ENST00000436876 591 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC068057.1-201ENST00000453322 709 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 SRP14-204ENST00000558720 780 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 C17orf62-216ENST00000578919 841 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 SHTN1-204ENST00000392903 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC007191.1-201ENST00000623179 2995 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 ARHGEF28-211ENST00000512883 2936 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 ZNF7-207ENST00000528372 2905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 MAN1C1-203ENST00000374332 4641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 MAN1C1-208ENST00000611903 4647 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 DNMT3L-201ENST00000270172 1706 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 ZDHHC6-201ENST00000369404 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 RFX8-201ENST00000428343 1686 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 MED15-202ENST00000292733 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC106707.1-201ENST00000475981 1640 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 ASTN2-201ENST00000288520 2356 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 MARVELD2-203ENST00000436532 1563 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 BTNL8-203ENST00000400707 1512 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 PHB-210ENST00000511832 1509 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 SALL2-205ENST00000611430 1466 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 FBXL16-202ENST00000397621 3547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 SLC9A7P1-201ENST00000554295 3311 ntBASIC21.14■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 PRKAB1-201ENST00000229328 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 SIPA1-203ENST00000527525 3235 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 SNRPC-201ENST00000244520 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AP001057.1-201ENST00000437557 799 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC026470.1-201ENST00000478038 846 ntBASIC21.14■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC090001.1-201ENST00000553194 467 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 ANKRD36C-208ENST00000619511 737 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 TAF8-203ENST00000372982 1805 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 WIZ-206ENST00000599686 3644 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 UNQ6494-202ENST00000617436 2163 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AC003986.1-201ENST00000452700 1526 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 ASB6-203ENST00000450050 4535 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 HARS2-201ENST00000230771 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 CT55-201ENST00000276241 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 GATA6-201ENST00000269216 3770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 MKNK1-204ENST00000371946 2719 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 HMGCLL1-203ENST00000370850 1171 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 MIR566-201ENST00000385187 94 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 DKKL1P1-201ENST00000400550 698 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AL391832.2-203ENST00000423175 554 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 KRT18P46-201ENST00000435568 1279 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AL109924.1-201ENST00000444586 914 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 RPL9-203ENST00000449470 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AADAT-206ENST00000509167 2113 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 POLR2J3-217ENST00000513438 546 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 GDNF-207ENST00000515058 764 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 MIR5001-201ENST00000580185 100 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 BRSK1-203ENST00000585418 1104 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 LINC01726-201ENST00000624692 1253 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 PLEKHG6-201ENST00000011684 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 EDN1-201ENST00000379375 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 CAMKV-202ENST00000463537 2818 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 CCNB2-201ENST00000288207 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 NME7-203ENST00000472647 1590 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 FKBP9-201ENST00000242209 3462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 PRKD2-201ENST00000291281 3070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AC108134.1-201ENST00000382225 3061 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 UBOX5-AS1-201ENST00000446537 1792 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 COMP-201ENST00000222271 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 SBNO2-202ENST00000438103 4537 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 VILL-202ENST00000383759 2787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 MEFV-203ENST00000536379 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 HYOU1-219ENST00000614711 3057 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 ARL1-202ENST00000536227 1322 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 COASY-211ENST00000590958 1976 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 TIGD1-201ENST00000408957 2625 ntAPPRIS P1 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 KIR2DS4-201ENST00000339924 1608 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 FAM213A-203ENST00000372187 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 DYDC2-204ENST00000372199 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 MBD1-222ENST00000590208 2913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AL451105.2-201ENST00000413763 1234 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 JAZF1-AS1-201ENST00000436758 548 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AL353150.1-201ENST00000456944 583 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 LINC02171-201ENST00000508619 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 FAM192A-218ENST00000567439 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AC011451.3-201ENST00000634951 582 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
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