Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 PHACTR1-202ENST00000379329 707 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SBSN-202ENST00000518157 957 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 IL32-222ENST00000533097 814 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AC025279.2-201ENST00000569730 653 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AC079336.1-201ENST00000583156 420 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 LINC01887-202ENST00000584734 860 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 ECM1P1-201ENST00000604092 1279 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SNAP25-AS1-208ENST00000605592 556 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 PAX4-207ENST00000611453 1235 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 IL32-201ENST00000008180 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 PHLDB2-203ENST00000412622 5996 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 MAGEA4-202ENST00000360243 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 MAGEA4-203ENST00000370335 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 MAGEA4-204ENST00000370340 1773 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 FUK-202ENST00000378912 3925 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 DIS3L2-205ENST00000409401 2048 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 RSBN1-204ENST00000612242 6592 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 LINC00863-201ENST00000439559 3287 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 PNPLA6-202ENST00000414982 4522 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 DLGAP4-202ENST00000340491 2392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 PPP1CB-203ENST00000395366 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SLC52A1-203ENST00000512825 2989 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 YWHAQ-201ENST00000238081 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 LINC01185-202ENST00000452343 1705 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 KNDC1-201ENST00000304613 6793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 FHDC1-202ENST00000511601 6583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 THSD4-202ENST00000355327 9200 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AL590440.2-201ENST00000641973 1595 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 GOPC-201ENST00000052569 4590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CPNE5-202ENST00000393189 2542 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AC068888.1-207ENST00000546793 2863 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 RAB37-216ENST00000613645 1653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 APBB1-201ENST00000299402 2636 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 NOP58-201ENST00000264279 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 TLE3-203ENST00000451782 2356 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CLN8-204ENST00000519254 1769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 LETMD1-201ENST00000262055 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 RER1-207ENST00000488353 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 PXDNL-201ENST00000356297 4805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 NXPH3-202ENST00000513748 1530 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CXCL12-201ENST00000343575 1857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 KCP-206ENST00000613019 4853 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 PLAC9-201ENST00000372263 785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 NDUFC1-201ENST00000394223 598 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CDRT15-201ENST00000420162 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AL583835.2-202ENST00000421363 1104 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AC233976.1-201ENST00000425150 451 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CDRT15-202ENST00000431716 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AC113608.2-201ENST00000448379 487 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AC072022.1-201ENST00000450760 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 DERL3-208ENST00000476077 969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AC119751.2-201ENST00000504529 210 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CEP57L1-208ENST00000519095 908 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 KRT90P-201ENST00000549264 1064 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 VASH1-AS1-201ENST00000554058 871 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AC027601.2-201ENST00000571085 805 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 NAA38-206ENST00000576384 424 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AC005597.1-201ENST00000588092 420 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 HTT-AS1_1.1-201ENST00000612914 230 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AC138951.2-201ENST00000623455 1161 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 COX11-210ENST00000639671 696 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 HBP1-212ENST00000485846 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 NR3C1-201ENST00000231509 3556 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 ERICH6-201ENST00000295910 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 APBB2-211ENST00000506352 3316 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 VASH2-202ENST00000366964 2960 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 ACSF2-202ENST00000427954 2251 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 DMAC2-204ENST00000438807 1454 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 FARP2-201ENST00000264042 4051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CHFR-205ENST00000450056 3250 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CHRNA7-201ENST00000306901 6181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SAFB-211ENST00000592224 3014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 FAM219A-203ENST00000379080 3591 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AL138709.1-201ENST00000614840 1693 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SEMA7A-202ENST00000542748 3228 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LIG1P18858 POMK-201ENST00000331373 1865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIG1P18858 RHOH-218ENST00000613272 1865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIG1P18858 HECW1-203ENST00000453890 5169 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIG1P18858 UNC5B-202ENST00000373192 6451 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CCDC50-201ENST00000392455 8429 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CTCFL-210ENST00000481655 1512 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIG1P18858 IL20RA-207ENST00000541547 3382 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SETD1B-203ENST00000604567 5969 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIG1P18858 PAWR-201ENST00000328827 9129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SLC23A1-201ENST00000348729 2299 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIG1P18858 TEX13C-201ENST00000632600 5095 ntAPPRIS P1 BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIG1P18858 AGAP5-201ENST00000374094 2394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SLC13A5-202ENST00000381074 1738 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SLC13A5-208ENST00000573648 1723 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIG1P18858 JPH3-201ENST00000284262 3985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CERS6-202ENST00000392687 6851 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIG1P18858 TRIM23-202ENST00000274327 1829 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIG1P18858 GABPA-202ENST00000400075 4814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIG1P18858 RBBP8NL-201ENST00000252998 2793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIG1P18858 IL12RB1-203ENST00000593993 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIG1P18858 CKLF-203ENST00000351137 508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIG1P18858 SS18L1-202ENST00000370848 1238 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIG1P18858 GABARAPL2-201ENST00000037243 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIG1P18858 THEMIS2-204ENST00000373927 1082 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIG1P18858 RPL7P3-201ENST00000441388 714 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.1 ms