Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 ZMIZ1-AS1-202ENST00000440151 814 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 RN7SL375P-201ENST00000492442 298 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC008982.2-201ENST00000600473 493 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC010976.2-201ENST00000609697 852 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 PFDN5-220ENST00000628881 231 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC106774.7-201ENST00000638408 597 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC106774.6-201ENST00000638483 597 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC233724.20-201ENST00000638842 597 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC233724.19-201ENST00000639969 597 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC106774.5-201ENST00000640558 597 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC233724.18-201ENST00000640803 597 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC233724.21-201ENST00000640846 597 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 RARG-202ENST00000394426 2640 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 ING4-207ENST00000446105 1348 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 ENPP7P8-202ENST00000527856 1345 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 HEXA-206ENST00000566304 1795 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 ARHGEF16-201ENST00000378371 2219 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AAMP-204ENST00000444053 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 CASC2-202ENST00000426021 3232 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 BCL2L12-211ENST00000614495 1402 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 CEP78-203ENST00000376598 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 CELF4-217ENST00000591282 1461 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 LIMS4-204ENST00000632897 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 SPATA16-201ENST00000351008 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 ZNF256-201ENST00000282308 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 CETP-201ENST00000200676 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 GRIA3-208ENST00000620581 2991 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 ZNF829-201ENST00000391711 1805 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 SP2-201ENST00000376741 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 ZSCAN2-208ENST00000485222 910 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 IGHEP1-201ENST00000521393 651 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 ZSCAN2-210ENST00000538076 1109 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC026310.2-201ENST00000546353 728 ntTSL 4 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 DUXAP9-201ENST00000547220 665 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AL132801.1-201ENST00000559675 567 ntTSL 4 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 ABHD17AP9-201ENST00000561925 548 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AL136982.5-201ENST00000605222 294 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 LINC02018-201ENST00000608169 1268 ntTSL 4 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 CTBP2P8-201ENST00000422584 1330 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 SCAMP1-AS1-201ENST00000421004 1479 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 FMO6P-201ENST00000236166 1620 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 NIPA1-207ENST00000561183 1675 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 BHMG1-201ENST00000457052 2749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 ZBED1-201ENST00000381218 2832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 FDFT1-214ENST00000528812 2013 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 RERG-201ENST00000256953 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 OR2K2-201ENST00000302681 1078 ntAPPRIS P1 BASIC21.17■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 SURF4-203ENST00000371991 715 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 RBM4-203ENST00000398692 921 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC016757.1-202ENST00000409376 892 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AP001628.2-201ENST00000420273 784 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC147651.3-201ENST00000429872 731 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AK2P2-201ENST00000439142 405 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC011995.2-201ENST00000452701 574 ntTSL 4 BASIC21.17■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 RN7SL494P-201ENST00000461517 304 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 PFN2-212ENST00000490975 858 ntTSL 4 BASIC21.17■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 RBM4-207ENST00000506523 654 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 MIR4326-201ENST00000582203 59 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 POLR2E-204ENST00000586746 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC004528.1-201ENST00000588380 641 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 SYNE3-203ENST00000554873 2826 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 FGD2-201ENST00000274963 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC021305.1-201ENST00000520656 1514 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 RSPH6A-203ENST00000600188 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 C17orf80-203ENST00000359042 3645 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 MOCS1-201ENST00000340692 2747 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 SLC52A3-202ENST00000381944 3060 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 RRM2-202ENST00000360566 3673 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 SLC27A6-201ENST00000262462 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 DERL3-202ENST00000318109 860 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 CRISP2-201ENST00000339139 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 HIST1H2BJ-201ENST00000339812 381 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 TPD52L2-202ENST00000346249 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 STK39-201ENST00000355999 3820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 XPNPEP2-201ENST00000371105 912 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 IGLC1-201ENST00000390321 460 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 CFAP36-204ENST00000406691 1575 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 SPRY4-AS1-203ENST00000443800 566 ntTSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 C12orf57-204ENST00000540506 551 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 ANKLE2-210ENST00000542657 2446 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 EMP1-211ENST00000544053 1436 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC089987.1-201ENST00000551654 2209 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 USB1-205ENST00000561743 1135 ntTSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC136624.2-201ENST00000574883 542 ntTSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AL139260.2-201ENST00000622355 2171 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 B4GALT3-213ENST00000622395 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 AC079325.2-201ENST00000641710 606 ntAPPRIS P5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 STK25-201ENST00000316586 4619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 ADGRG2-202ENST00000354791 4494 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 ELAC2-201ENST00000338034 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
TCOF1Q13428 MINPP1-202ENST00000371996 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
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