Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 AL645941.1-201ENST00000415875 338 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 FAM21FP-201ENST00000426241 1131 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 MIR663AHG-201ENST00000427348 1213 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 USE1-202ENST00000445667 795 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 AC092800.1-201ENST00000449492 579 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 LAMA4-209ENST00000453937 645 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 AC097103.2-201ENST00000504670 602 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 ATG10-207ENST00000513443 978 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 RNA5SP412-201ENST00000516234 123 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 MUTYH-237ENST00000531105 501 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 RIT1-205ENST00000539040 919 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 CCDC86-203ENST00000545580 697 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 AL160314.3-201ENST00000556041 767 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 AL132711.1-201ENST00000557546 722 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 TMEM208-207ENST00000563953 887 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 TXNDC17-202ENST00000570330 459 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 RN7SL560P-201ENST00000577943 264 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 NCR1-206ENST00000598576 996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 ATXN2L-204ENST00000382686 3739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 SIMC1-205ENST00000443967 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 GNAS-215ENST00000371102 3438 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 DEK-202ENST00000397239 3427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 AC051649.2-201ENST00000640310 3319 ntAPPRIS P1 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 MBD1-201ENST00000269468 3259 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 CLIP2-203ENST00000395060 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 NR4A1-202ENST00000360284 2589 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 AJUBA-201ENST00000262713 4262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 TBL3-208ENST00000615855 2472 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 COL17A1-201ENST00000353479 5734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 DNAJC5-201ENST00000360864 5213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 PHKG1-210ENST00000537360 2139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 NOS1AP-201ENST00000361897 4931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 LRRC17-202ENST00000339431 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 DUOX1-201ENST00000321429 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 L3MBTL1-206ENST00000427442 3157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 SERPING1-204ENST00000378324 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 RIC1-201ENST00000251879 4127 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 CDH20-202ENST00000536675 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 PPP1CB-203ENST00000395366 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 ANGPTL2-202ENST00000373425 3707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 STK32B-201ENST00000282908 3582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 REXO1L6P-201ENST00000603433 1515 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 AL589669.1-201ENST00000639829 1506 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 TOR2A-202ENST00000373281 2477 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 MIR762HG-203ENST00000570025 1429 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 AP1G2-201ENST00000308724 3298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 ZNF100-201ENST00000305570 2283 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 UROD-201ENST00000246337 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 TUBB8P4-201ENST00000511806 1324 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 ZDHHC8-201ENST00000320602 3072 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 FAM24B-202ENST00000368898 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 RPL14-202ENST00000396203 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 PRKG1-AS1-201ENST00000420193 971 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 LINC01762-204ENST00000434879 436 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 AL392046.1-202ENST00000457255 521 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 AP000696.1-201ENST00000457669 1133 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 HNRNPA1P36-201ENST00000521313 955 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 RBM8B-201ENST00000555532 525 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 GFER-204ENST00000567719 483 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 RANGRF-205ENST00000580434 749 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 MRPL34-203ENST00000595444 863 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 KLK3-211ENST00000597483 810 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 ZNF586-206ENST00000599802 581 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 IER3IP1-202ENST00000639845 832 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 DDX59-206ENST00000447706 2900 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 NDRG4-217ENST00000562999 2931 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 LINC00479-201ENST00000412102 2033 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 ZNF460-202ENST00000537645 2037 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 HSPH1-201ENST00000320027 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 CSAD-203ENST00000379846 1962 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 TMEM38A-201ENST00000187762 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 VWA5B2-202ENST00000426955 4120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 PRF1-202ENST00000441259 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 SIGLEC16-202ENST00000602139 2510 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 AGO3-201ENST00000246314 3211 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 AC130686.1-201ENST00000622936 2466 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 AC144522.1-201ENST00000625111 1658 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 PIK3R1-211ENST00000521381 7011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 C17orf53-201ENST00000245382 2272 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 TAGLN2-202ENST00000368096 1603 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 DDX20-201ENST00000369702 4212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 ZNF362-201ENST00000373428 2936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 MFSD2B-201ENST00000338315 2850 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 ZNF691-206ENST00000372508 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 PUF60-209ENST00000527197 1559 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 GJB4-201ENST00000339480 2840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 POLL-204ENST00000370168 1536 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 WDR97-201ENST00000323662 6916 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 ALOX15-201ENST00000293761 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 ELN-210ENST00000380584 3214 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 SDC1-201ENST00000254351 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 ZDHHC3-201ENST00000296127 3101 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 COLCA2-202ENST00000526216 1332 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 RTEL1-205ENST00000370018 4955 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 MAP2K7-203ENST00000397983 3396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 RPL35-201ENST00000348462 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 SNRPC-202ENST00000374017 1054 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 IGLV2-23-201ENST00000390306 502 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 PSTK-202ENST00000405485 1047 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HPS3Q969F9 AL021707.3-201ENST00000418803 527 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms