Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6N9

USH1C, Harmonin, humanhuman

Predictions only

Length 552 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USH1CQ9Y6N9 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USH1CQ9Y6N9 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USH1CQ9Y6N9 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USH1CQ9Y6N9 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USH1CQ9Y6N9 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USH1CQ9Y6N9 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USH1CQ9Y6N9 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USH1CQ9Y6N9 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USH1CQ9Y6N9 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USH1CQ9Y6N9 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USH1CQ9Y6N9 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USH1CQ9Y6N9 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USH1CQ9Y6N9 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USH1CQ9Y6N9 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USH1CQ9Y6N9 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USH1CQ9Y6N9 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USH1CQ9Y6N9 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USH1CQ9Y6N9 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USH1CQ9Y6N9 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USH1CQ9Y6N9 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USH1CQ9Y6N9 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms