Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIMD1Q9UGP4 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMD1Q9UGP4 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.9 ms