Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.07
VPS29Q9UBQ0 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 519.4 ms