Protein–RNA interactions for Protein: Q9HBJ7

USP29, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 29, humanhuman

Predictions only

Length 922 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP29Q9HBJ7 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
USP29Q9HBJ7 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP29Q9HBJ7 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP29Q9HBJ7 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP29Q9HBJ7 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP29Q9HBJ7 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP29Q9HBJ7 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP29Q9HBJ7 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP29Q9HBJ7 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
USP29Q9HBJ7 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP29Q9HBJ7 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP29Q9HBJ7 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP29Q9HBJ7 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP29Q9HBJ7 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
USP29Q9HBJ7 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
USP29Q9HBJ7 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
USP29Q9HBJ7 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
USP29Q9HBJ7 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
USP29Q9HBJ7 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP29Q9HBJ7 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP29Q9HBJ7 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP29Q9HBJ7 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP29Q9HBJ7 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
USP29Q9HBJ7 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP29Q9HBJ7 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP29Q9HBJ7 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP29Q9HBJ7 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP29Q9HBJ7 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP29Q9HBJ7 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP29Q9HBJ7 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP29Q9HBJ7 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP29Q9HBJ7 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP29Q9HBJ7 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
USP29Q9HBJ7 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP29Q9HBJ7 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP29Q9HBJ7 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 171.8 ms