Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CLN3Q13286 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
CLN3Q13286 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CLN3Q13286 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CLN3Q13286 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CLN3Q13286 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CLN3Q13286 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CLN3Q13286 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CLN3Q13286 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CLN3Q13286 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CLN3Q13286 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CLN3Q13286 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CLN3Q13286 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CLN3Q13286 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CLN3Q13286 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
CLN3Q13286 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CLN3Q13286 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CLN3Q13286 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CLN3Q13286 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CLN3Q13286 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CLN3Q13286 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CLN3Q13286 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CLN3Q13286 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC21.31■■□□□ 1
CLN3Q13286 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CLN3Q13286 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CLN3Q13286 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CLN3Q13286 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CLN3Q13286 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CLN3Q13286 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
CLN3Q13286 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CLN3Q13286 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CLN3Q13286 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CLN3Q13286 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CLN3Q13286 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
CLN3Q13286 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CLN3Q13286 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
CLN3Q13286 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CLN3Q13286 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CLN3Q13286 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CLN3Q13286 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CLN3Q13286 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CLN3Q13286 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CLN3Q13286 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CLN3Q13286 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CLN3Q13286 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CLN3Q13286 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.29■■□□□ 1
CLN3Q13286 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CLN3Q13286 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CLN3Q13286 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CLN3Q13286 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
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