Protein–RNA interactions for Protein: P56589

PEX3, Peroxisomal biogenesis factor 3, humanhuman

Predictions only

Length 373 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PEX3P56589 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
PEX3P56589 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
PEX3P56589 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
PEX3P56589 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
PEX3P56589 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
PEX3P56589 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
PEX3P56589 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
PEX3P56589 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
PEX3P56589 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
PEX3P56589 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
PEX3P56589 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
PEX3P56589 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
PEX3P56589 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
PEX3P56589 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
PEX3P56589 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
PEX3P56589 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
PEX3P56589 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
PEX3P56589 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
PEX3P56589 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
PEX3P56589 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
PEX3P56589 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
PEX3P56589 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
PEX3P56589 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
PEX3P56589 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
PEX3P56589 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
PEX3P56589 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
PEX3P56589 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
PEX3P56589 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
PEX3P56589 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
PEX3P56589 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
PEX3P56589 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PEX3P56589 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PEX3P56589 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PEX3P56589 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
PEX3P56589 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PEX3P56589 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
PEX3P56589 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PEX3P56589 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
PEX3P56589 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PEX3P56589 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PEX3P56589 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
PEX3P56589 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
PEX3P56589 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
PEX3P56589 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
PEX3P56589 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
PEX3P56589 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
PEX3P56589 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
PEX3P56589 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
PEX3P56589 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
PEX3P56589 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
PEX3P56589 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
PEX3P56589 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
PEX3P56589 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC25■■□□□ 1.59
PEX3P56589 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
PEX3P56589 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
PEX3P56589 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
PEX3P56589 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
PEX3P56589 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
PEX3P56589 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
PEX3P56589 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
PEX3P56589 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
PEX3P56589 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
PEX3P56589 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
PEX3P56589 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
PEX3P56589 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
PEX3P56589 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
PEX3P56589 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
PEX3P56589 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC24.98■■□□□ 1.59
PEX3P56589 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
PEX3P56589 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
PEX3P56589 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC24.97■■□□□ 1.59
PEX3P56589 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
PEX3P56589 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
PEX3P56589 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
PEX3P56589 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
PEX3P56589 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
PEX3P56589 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
PEX3P56589 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
PEX3P56589 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
PEX3P56589 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
PEX3P56589 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
PEX3P56589 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
PEX3P56589 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
PEX3P56589 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
PEX3P56589 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
PEX3P56589 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
PEX3P56589 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
PEX3P56589 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
PEX3P56589 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
PEX3P56589 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
PEX3P56589 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
PEX3P56589 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
PEX3P56589 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
PEX3P56589 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.59
PEX3P56589 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.59
PEX3P56589 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.59
PEX3P56589 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
PEX3P56589 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
PEX3P56589 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
PEX3P56589 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.2 ms