Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SDC3O75056 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SDC3O75056 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SDC3O75056 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SDC3O75056 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SDC3O75056 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SDC3O75056 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SDC3O75056 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SDC3O75056 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SDC3O75056 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SDC3O75056 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SDC3O75056 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC3O75056 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC3O75056 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC3O75056 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC3O75056 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC3O75056 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC3O75056 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC3O75056 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC3O75056 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC3O75056 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC3O75056 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC3O75056 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC3O75056 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC3O75056 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SDC3O75056 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SDC3O75056 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SDC3O75056 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SDC3O75056 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SDC3O75056 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SDC3O75056 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SDC3O75056 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SDC3O75056 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SDC3O75056 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SDC3O75056 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SDC3O75056 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
SDC3O75056 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SDC3O75056 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SDC3O75056 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SDC3O75056 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
SDC3O75056 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
SDC3O75056 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SDC3O75056 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SDC3O75056 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SDC3O75056 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SDC3O75056 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC3O75056 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC3O75056 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC3O75056 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC3O75056 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC3O75056 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC3O75056 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC3O75056 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC3O75056 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC3O75056 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC3O75056 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SDC3O75056 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
SDC3O75056 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SDC3O75056 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SDC3O75056 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
SDC3O75056 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SDC3O75056 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SDC3O75056 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SDC3O75056 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SDC3O75056 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SDC3O75056 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.15
SDC3O75056 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
SDC3O75056 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SDC3O75056 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SDC3O75056 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SDC3O75056 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SDC3O75056 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SDC3O75056 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SDC3O75056 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SDC3O75056 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDC3O75056 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDC3O75056 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDC3O75056 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDC3O75056 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
SDC3O75056 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDC3O75056 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDC3O75056 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDC3O75056 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDC3O75056 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDC3O75056 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDC3O75056 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SDC3O75056 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SDC3O75056 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SDC3O75056 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SDC3O75056 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SDC3O75056 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SDC3O75056 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SDC3O75056 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SDC3O75056 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SDC3O75056 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SDC3O75056 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SDC3O75056 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SDC3O75056 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SDC3O75056 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
SDC3O75056 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms