Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL4

USP43, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 43, humanhuman

Predictions only

Length 1,123 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP43Q70EL4 RBM33-205ENST00000392759 1580 ntTSL 5 BASIC13.37□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 LINC01301-202ENST00000506428 2444 ntTSL 2 BASIC13.37□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 USP22-201ENST00000261497 5220 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 AC125611.4-201ENST00000553259 4166 ntTSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 PRKAR2A-202ENST00000296446 3318 ntTSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 VGLL2-202ENST00000352536 1709 ntTSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 SRPK3-201ENST00000370100 1717 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 AL589740.1-203ENST00000433637 1984 ntTSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 CHIT1-202ENST00000367229 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 ARAF-203ENST00000377045 2458 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 DAXX-213ENST00000620164 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 ZNF721-205ENST00000511833 2966 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 SLC52A1-203ENST00000512825 2989 ntTSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 SLC22A5-201ENST00000245407 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 AL365181.3-201ENST00000605886 3222 ntBASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 FBLIM1-203ENST00000375771 3498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 GRIK4-202ENST00000438375 4214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 SPAG8-209ENST00000484764 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 EPHX2-202ENST00000517536 1600 ntTSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 AP002761.4-201ENST00000565433 3361 ntBASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 TBR1-201ENST00000389554 4009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 AC007388.1-204ENST00000449569 2517 ntTSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 LINC01285-201ENST00000412422 2289 ntTSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 CCT2-201ENST00000299300 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 CEACAM20-204ENST00000617951 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 AP1B1-201ENST00000317368 3903 ntTSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 BSG-204ENST00000545507 1795 ntTSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 MKRN1-201ENST00000255977 3151 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 AC005622.1-202ENST00000637093 1543 ntTSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 TJAP1-204ENST00000372449 2695 ntTSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 TJAP1-205ENST00000372452 2665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 PFKP-203ENST00000381125 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 JAKMIP3-201ENST00000298622 6626 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 GYPC-201ENST00000259254 1246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 VCX2-201ENST00000317103 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 LINC01116-202ENST00000339037 838 ntTSL 3 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 HNRNPA3P1-201ENST00000401429 1139 ntBASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 Z98749.2-201ENST00000428294 700 ntTSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 KRT17P7-201ENST00000451704 1104 ntBASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 HNRNPA3P5-201ENST00000455201 833 ntBASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 TMEM63A-209ENST00000537914 1018 ntTSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 AC004803.1-204ENST00000543290 512 ntTSL 4 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 AC026471.2-201ENST00000569782 655 ntTSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 NAA38-207ENST00000576861 556 ntTSL 3 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 C1QTNF1-212ENST00000583904 1129 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 AC138474.1-201ENST00000586630 523 ntTSL 3 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 AL008721.1-201ENST00000609964 604 ntBASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 VCX-203ENST00000620630 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 EFR3B-205ENST00000405108 2432 ntTSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 ARHGEF17-201ENST00000263674 7853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 PRRG2-201ENST00000246794 1404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 VENTXP1-201ENST00000569334 2716 ntBASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 USP51-201ENST00000500968 4407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 AP3S2-216ENST00000617003 1561 ntBASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 ASAP1-201ENST00000357668 6344 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 RNASE1-202ENST00000397967 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 PRDM15-207ENST00000447207 4928 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 MYOM3-201ENST00000338909 2693 ntTSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 MTMR3-204ENST00000401950 6018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 ANKRD36BP2-202ENST00000421951 1899 ntTSL 3 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 PCED1B-201ENST00000432328 1862 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 GOLGA8M-201ENST00000563027 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 CCDC88A-204ENST00000413716 9586 ntTSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 GRN-214ENST00000589265 1632 ntTSL 5 BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 TRDMT1-203ENST00000377799 3527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 KIAA1191-202ENST00000393725 2700 ntTSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 PCDHB10-201ENST00000239446 3290 ntAPPRIS P1 BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 KRT32-201ENST00000225899 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 MGMT-201ENST00000306010 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 AL034550.2-201ENST00000620523 1771 ntTSL 2 BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 KRT74-203ENST00000549343 2858 ntTSL 5 BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 WDFY1-201ENST00000233055 4660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 VRK3-201ENST00000316763 1938 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 RNF220-203ENST00000361799 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 RNF220-204ENST00000372247 3010 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 NUMB-216ENST00000555394 3037 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 AC016738.1-201ENST00000452364 3485 ntTSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 AC072061.1-201ENST00000569710 2234 ntBASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 MDM1-201ENST00000303145 2918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 SGTB-201ENST00000381007 5469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 AP4M1-206ENST00000429084 1836 ntTSL 5 BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 NFKB1-201ENST00000226574 4085 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 HLA-H-201ENST00000383620 1096 ntBASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 BLCAP-202ENST00000397131 633 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 BLCAP-203ENST00000397134 566 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 AL133267.1-201ENST00000398220 340 ntBASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 HDAC2-AS2-213ENST00000520891 603 ntTSL 4 BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 MAPKAPK5-203ENST00000547305 494 ntTSL 2 BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 CCDC85C-204ENST00000555822 930 ntTSL 5 BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 MPI-209ENST00000564003 1195 ntTSL 2 BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 AL031717.1-201ENST00000569670 565 ntTSL 4 BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 CYB5D1-202ENST00000570446 570 ntTSL 4 BASIC13.35□□□□□ -0.27
USP43Q70EL4 MYMX-202ENST00000576476 682 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.35□□□□□ -0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.9 ms