Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 AJUBA-201ENST00000262713 4262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC39Q9UFE4 PCED1B-201ENST00000432328 1862 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC39Q9UFE4 TMEM230-201ENST00000202834 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC39Q9UFE4 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC39Q9UFE4 PRAP1-201ENST00000433452 971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC39Q9UFE4 KRT18P25-201ENST00000508931 1278 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC39Q9UFE4 MTX3-202ENST00000512528 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC39Q9UFE4 AP001063.1-201ENST00000568332 529 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC39Q9UFE4 VAT1-205ENST00000587173 1174 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC39Q9UFE4 RAB11B-202ENST00000594216 894 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC39Q9UFE4 KDM6B-201ENST00000254846 6713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC39Q9UFE4 RIOK1-202ENST00000379834 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC39Q9UFE4 AC118758.2-201ENST00000614242 2813 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC39Q9UFE4 ACADM-202ENST00000370841 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC39Q9UFE4 ZNF239-203ENST00000426961 2027 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC39Q9UFE4 SRPX-206ENST00000544439 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 ASPH-202ENST00000379449 1603 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 CTD-2194D22.4-201ENST00000514569 1635 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 NEU3-206ENST00000532963 1643 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 RAB18-207ENST00000535776 4811 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 OSBPL5-201ENST00000263650 3889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 MKNK1-204ENST00000371946 2719 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AL139385.1-201ENST00000611744 3272 ntBASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 CLPB-209ENST00000538039 3078 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 RIPOR3-202ENST00000327979 4377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AP001062.1-201ENST00000448927 4354 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 CHMP7-202ENST00000397677 3403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 ZBED8-202ENST00000523213 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 MLLT6-211ENST00000621332 7578 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 CPSF7-205ENST00000439958 3524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 BCS1L-203ENST00000392110 1525 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 TMEM40-204ENST00000435218 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AC006974.1-201ENST00000637928 1501 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 PATL2-208ENST00000560780 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AP1G2-201ENST00000308724 3298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 ALG3-207ENST00000455059 1697 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 KDM8-212ENST00000568965 1655 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 MX1-202ENST00000398598 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 RIC8B-202ENST00000392837 5135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AC020915.1-201ENST00000413518 1469 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 CATSPER2P1-203ENST00000429276 1466 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 FAM167A-201ENST00000284486 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 TICRR-202ENST00000560985 6656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 B3GNT5-202ENST00000460419 3368 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 NCAPH2-201ENST00000299821 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 CAMKV-202ENST00000463537 2818 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 SCAND1-201ENST00000305978 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 FANK1-204ENST00000368695 1296 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 PFDN6-202ENST00000374607 598 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 PFDN6-203ENST00000374610 521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 GIMAP3P-201ENST00000495150 836 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AC006064.3-201ENST00000537921 477 ntTSL 4 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 LAT-209ENST00000564277 921 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 PAM16-204ENST00000571941 674 ntTSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 ELOF1-206ENST00000590700 585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 TPTE2P2-205ENST00000606711 505 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 IL32-235ENST00000613483 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AL033527.5-201ENST00000641382 801 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 KIAA0319-201ENST00000378214 6802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AFDN-205ENST00000392108 6812 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 HFE-202ENST00000317896 1922 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AC004241.5-201ENST00000623870 2448 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 MVK-214ENST00000629016 1591 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 CCDC57-203ENST00000392343 2896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 SLC22A20-202ENST00000525437 3196 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 LY9-204ENST00000368039 1364 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 HCFC2-201ENST00000229330 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 CES1-203ENST00000422046 2178 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 HSD17B6-201ENST00000322165 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AC090505.1-201ENST00000430515 1834 ntBASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 VPS9D1-202ENST00000561976 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 ABCA7-202ENST00000433129 6704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 PTPN20-206ENST00000395722 1995 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 BICDL2-204ENST00000573514 3519 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 IGF2BP2-202ENST00000382199 3688 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 KLRG1-201ENST00000266551 1335 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 CENPBD1-201ENST00000314994 2744 ntAPPRIS P1 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 USH1C-201ENST00000005226 2700 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 KDM2B-202ENST00000377071 4595 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 PPP1R3D-201ENST00000370996 3630 ntAPPRIS P1 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 MFAP4-202ENST00000395592 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 SCFD1-203ENST00000458591 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 SPHK2-201ENST00000245222 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AC114689.3-201ENST00000583687 2991 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 SLC1A6-201ENST00000221742 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 CDK20-201ENST00000325303 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 GDPD5-201ENST00000336898 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 DDX31-204ENST00000372159 4577 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 PGGT1BP2-201ENST00000398621 1028 ntBASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AC026790.1-201ENST00000399760 2941 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 MLXIPL-204ENST00000414749 3224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AC114730.3-201ENST00000435195 584 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 CR589904.1-201ENST00000437830 732 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 PSEN2-206ENST00000472139 1163 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 AC093879.1-201ENST00000508959 1176 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 POLD4-211ENST00000539074 714 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 DCAF8L2-203ENST00000545306 2013 ntAPPRIS P1 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC39Q9UFE4 RRN3P3-202ENST00000551766 3366 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.8 ms