Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 SNCAIP-207ENST00000504884 1885 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 ALDH3A2-221ENST00000581518 2785 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 PRAMEF8-202ENST00000614831 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 PRAMEF7-202ENST00000616979 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 HYOU1-219ENST00000614711 3057 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 HNRNPC-205ENST00000553300 1375 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 PCDHGB2-202ENST00000622527 2588 ntAPPRIS P1 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 C6orf48-202ENST00000375635 610 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 C6orf48-209ENST00000395789 952 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 MED15P3-201ENST00000413613 326 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 AL359853.1-202ENST00000415218 544 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 PHBP10-201ENST00000416467 784 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 RIC3-205ENST00000425599 867 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 POLR2LP1-206ENST00000444785 187 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 RN7SL33P-201ENST00000462543 342 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 MARK2P17-201ENST00000498560 841 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 AC100858.1-201ENST00000514059 1228 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 ORMDL2-205ENST00000552672 760 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 AC120498.5-201ENST00000561757 299 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 AC005777.1-201ENST00000588332 187 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 DAGLB-204ENST00000436575 2385 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 ALDH3A1-201ENST00000225740 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 TPD52L2-204ENST00000351424 2302 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 HID1-202ENST00000425042 3271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 CCDC116-201ENST00000292779 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 CSTB-201ENST00000291568 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 MIR611-201ENST00000384869 67 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 SNRPD2P2-201ENST00000473818 333 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 CRYBB2P1-204ENST00000509460 701 ntTSL 3 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 SERGEF-208ENST00000528200 1264 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 ZFAS1-208ENST00000618800 597 ntTSL 3 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 LINC01012-203ENST00000628762 743 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 HMOX2-201ENST00000219700 1621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 LIMS2-206ENST00000409754 1620 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 OR2V1-204ENST00000641551 2423 ntAPPRIS P1 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 SYBU-230ENST00000532779 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 IDH2-201ENST00000330062 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 GFI1B-203ENST00000372123 1514 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 IMMT-212ENST00000620815 1520 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 OASL-202ENST00000339275 1492 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 PKM-220ENST00000568459 1806 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 LDLR-204ENST00000545707 2429 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 UBE2V1-222ENST00000557021 2258 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 UBE2V1-224ENST00000625172 2297 ntTSL 4 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 S100B-201ENST00000291700 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 HMGA1P2-201ENST00000430198 324 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 MED19-202ENST00000431606 1203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 SNHG4-204ENST00000507197 865 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 HMGCLL1-208ENST00000508459 884 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 HDAC2-AS2-213ENST00000520891 603 ntTSL 4 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 AC018845.3-201ENST00000562536 516 ntTSL 3 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 AC005736.3-201ENST00000571169 244 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 KF455155.1-201ENST00000604493 303 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 CCDC32-215ENST00000625629 801 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 FADS1-206ENST00000460649 1559 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 CRY2-201ENST00000417225 2053 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 FAM109A-203ENST00000547838 2846 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 BAX-201ENST00000293288 1358 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 DUOXA1-216ENST00000613425 1867 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 SPRY4-202ENST00000434127 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 SNCAIP-206ENST00000414317 1591 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 TBC1D27-202ENST00000424239 1573 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 MIEF2-203ENST00000395704 2879 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 ABTB1-206ENST00000468137 2065 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 TBC1D3G-201ENST00000569055 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 TBC1D3H-201ENST00000610350 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 TBC1D3L-202ENST00000617678 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 FXYD2-202ENST00000292079 571 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 PMF1-203ENST00000368279 1019 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 SKA1-202ENST00000398452 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 IFITM1-202ENST00000408968 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 KCNMA1-AS1-201ENST00000426234 863 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 PSME2P2-201ENST00000453033 700 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 SMIM15-202ENST00000507416 584 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 C11orf58-207ENST00000525684 575 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 C11orf58-209ENST00000528634 776 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 AC116025.1-201ENST00000575404 415 ntTSL 3 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 RN7SL605P-201ENST00000577229 281 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 Metazoa_SRP.156-201ENST00000622344 262 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 AMT-256ENST00000638063 1783 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 TNFAIP8L3-201ENST00000327536 2262 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 GRK5-202ENST00000392870 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 GUCY2EP-203ENST00000531117 1918 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 RANBP9-201ENST00000011619 3113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 SLC35A3-221ENST00000640600 3341 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 MIEF1-202ENST00000402881 2269 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 TGOLN2-204ENST00000409015 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 GRAMD2B-201ENST00000285689 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 AC073324.2-201ENST00000626532 2941 ntTSL 4 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 MBD1-217ENST00000588937 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 METTL6-202ENST00000383790 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 FBXO45-202ENST00000440469 3689 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 AKT3-IT1-201ENST00000417120 517 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 AL954722.1-201ENST00000431238 259 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 AL031587.2-201ENST00000445483 414 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 AAMDC-210ENST00000532481 690 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CHD9Q3L8U1 CYB5D2-202ENST00000573984 495 ntTSL 4 BASIC14.9□□□□□ -0.02
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