Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 REEP5-207ENST00000513339 1139 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 PRR7-AS1-204ENST00000514846 543 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 RNA5SP406-201ENST00000516106 112 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 AC237221.1-201ENST00000561575 1881 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 FRRS1L-201ENST00000561981 8197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 C2orf69P1-201ENST00000563532 1093 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 CDKN2B-AS1-208ENST00000580576 2175 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 LIPE-AS1-204ENST00000594624 1448 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 HELLS-212ENST00000630929 400 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 GBA2-203ENST00000378103 3611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 SLC6A13-203ENST00000445055 1950 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 SERPINB6-206ENST00000380546 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 ADI1-201ENST00000327435 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 TMEM263-201ENST00000280756 3362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 KIFC3-205ENST00000540079 2781 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 ADSL-201ENST00000216194 1620 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 ZNF557-201ENST00000252840 2268 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 GRAMD4-203ENST00000408031 2834 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 CTSS-202ENST00000448301 1421 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 PLSCR1-214ENST00000487389 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 POLR2L-201ENST00000322028 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 CSAG1-203ENST00000370291 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 AIF1L-205ENST00000372301 671 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 PUS10-202ENST00000398658 1227 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 RANGRF-202ENST00000407006 1074 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 LINC01433-201ENST00000419003 697 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 CXorf40A-205ENST00000423540 1208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 SH3BGR-209ENST00000458295 812 ntTSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 RN7SL788P-201ENST00000460504 316 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 AC093909.3-201ENST00000504783 336 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 AC093826.1-201ENST00000508655 993 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 IGHV1-12-201ENST00000518307 205 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 PMFBP1-208ENST00000537792 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 CRADD-205ENST00000548483 1056 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 AC068397.2-201ENST00000558742 341 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 AC136624.2-201ENST00000574883 542 ntTSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 ZNF286A-212ENST00000580259 527 ntTSL 4 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 EHD3-201ENST00000322054 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 TSFM-207ENST00000540550 1935 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 FAM96A-203ENST00000557835 1536 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 FGFR3-204ENST00000412135 3951 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 TUBGCP2-203ENST00000368563 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 UBE2A-202ENST00000371558 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 PABPC4-201ENST00000372856 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 IQCJ-201ENST00000397832 1460 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 COX4I1-208ENST00000564903 1481 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 DOK1-202ENST00000340004 1722 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 MGEA5-202ENST00000361464 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 NUDT16P1-202ENST00000499077 2208 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 NFATC4-202ENST00000413692 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 DACT3-203ENST00000410105 3085 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 RNF25-201ENST00000295704 1914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 KRT8P18-201ENST00000413425 1445 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 CDK16-211ENST00000518022 2022 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 SIGLEC7-202ENST00000317643 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 PORCN-201ENST00000326194 1755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 IL18BP-205ENST00000393705 1549 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 CRYGC-201ENST00000282141 629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 CXCL12-205ENST00000395794 1052 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 LINC00265-2P-201ENST00000413372 782 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 LINC00866-201ENST00000427379 418 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 MIR503HG-202ENST00000440570 760 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 TRBC2-201ENST00000466254 758 ntAPPRIS P1 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 FRMD4A-208ENST00000493380 1149 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 AC087269.1-202ENST00000519147 400 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 AP003390.1-201ENST00000533253 523 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 KRT8P2-201ENST00000556193 944 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 TMEM202-AS1-201ENST00000562573 723 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 RN7SL455P-201ENST00000580629 282 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 ZNF677-204ENST00000594681 935 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 NSFL1C-201ENST00000216879 3568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 CDCP2-201ENST00000371330 2723 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 TIGD4-201ENST00000304337 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 HIBCH-202ENST00000392332 2463 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 GOT2-202ENST00000434819 1615 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 TADA3-204ENST00000440161 1617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 ORMDL3-202ENST00000394169 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 KCTD18-202ENST00000409157 2556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 ZNF496-201ENST00000294753 5336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXC9P31274 IRF8-201ENST00000268638 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
HOXC9P31274 BHLHE41-201ENST00000242728 3837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
HOXC9P31274 CASK-202ENST00000378158 3848 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.63
HOXC9P31274 NUMBL-201ENST00000252891 3561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
HOXC9P31274 GOLGA5-201ENST00000163416 2969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
HOXC9P31274 TM4SF19-203ENST00000446879 1582 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
HOXC9P31274 PARP16-201ENST00000261888 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
HOXC9P31274 TSPAN3-205ENST00000558745 1340 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXC9P31274 MIR3936HG-204ENST00000621103 1793 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXC9P31274 SH3GLB2-205ENST00000416629 1415 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXC9P31274 LINC01565-201ENST00000356020 2697 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXC9P31274 LINC01662-201ENST00000342888 1859 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXC9P31274 ALG3-205ENST00000445626 1533 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXC9P31274 AC021305.1-201ENST00000520656 1514 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXC9P31274 BRD3-201ENST00000303407 5652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXC9P31274 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXC9P31274 LYNX1-206ENST00000621401 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXC9P31274 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms