Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 RASSF5-201ENST00000577571 3496 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 RAB37-216ENST00000613645 1653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 AC108134.1-201ENST00000382225 3061 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 AIFM2-204ENST00000613322 3247 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 SPHK2-210ENST00000599748 2683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 PES1-201ENST00000335214 1988 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 POU5F1B-201ENST00000465342 5360 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 IER3-201ENST00000259874 1244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 SYCE2-201ENST00000293695 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 ALG1L-201ENST00000340333 805 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 ALKBH2-201ENST00000343075 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 CRYBA4-201ENST00000354760 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 AL121901.1-201ENST00000419613 366 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 GAS5-209ENST00000430245 723 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 XBP1P1-201ENST00000436573 652 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 ZNF529-AS1-201ENST00000448373 1004 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 AC024681.1-201ENST00000521917 487 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 TNNT1-203ENST00000536926 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 TCL1A-208ENST00000556450 872 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 TMEM219-203ENST00000561899 1249 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 MIR3619-201ENST00000579667 83 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 AC008133.1-201ENST00000584688 557 ntTSL 4 BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 NFIC-204ENST00000586919 1221 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 ZNF772-207ENST00000601768 482 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 ALG1L-202ENST00000611639 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 LMNA-201ENST00000347559 3137 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 MYH11-211ENST00000576790 6272 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 ZPBP2-202ENST00000377940 2177 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 VILL-202ENST00000383759 2787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 NPHP4-201ENST00000378156 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 HNRNPU-204ENST00000440865 3207 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 SLC35E2B-203ENST00000611123 5948 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 TPM3-208ENST00000341485 2063 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 RAI14-202ENST00000428746 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
BDNFP23560 ITSN1-212ENST00000399367 5722 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 LGALS8-203ENST00000341872 2437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 BIRC5-203ENST00000374948 2446 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 TGM6-201ENST00000202625 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 LINC01648-201ENST00000445180 1519 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 NMBR-201ENST00000258042 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 LRRC20-204ENST00000373224 3095 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 AHDC1-201ENST00000247087 6334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 ZFP30-201ENST00000351218 6090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 KMT2E-201ENST00000257745 6714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 PLTP-203ENST00000372431 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 BTNL8-206ENST00000508408 1717 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 HSD17B6-207ENST00000555805 1722 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 ZNF691-206ENST00000372508 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 RALGDS-202ENST00000372050 3634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 AL138767.1-201ENST00000354527 744 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 EDF1-202ENST00000371648 809 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 DKFZp779M0652-201ENST00000378779 649 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 FKBP11-202ENST00000444214 630 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 AC012618.1-201ENST00000461223 412 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 CENPBD1P1-203ENST00000479047 569 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 CCNC-217ENST00000523985 958 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 AC090857.1-201ENST00000527400 390 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 AC003686.1-201ENST00000550956 1034 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 AL132709.1-203ENST00000555103 569 ntTSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 AC009065.3-201ENST00000562027 627 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 CCDC144NL-AS1-209ENST00000577860 884 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 HIST1H4A-201ENST00000617569 312 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 ZNF485-201ENST00000361807 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 CSAD-202ENST00000379843 2086 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 LINC00887-202ENST00000414120 2880 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 C18orf25-206ENST00000619301 5264 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 DNAJC7-202ENST00000426588 1774 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 AC109466.1-209ENST00000486913 1618 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 NOP14-AS1-201ENST00000503709 1616 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 KRT8P21-201ENST00000430398 1491 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 DLK1-201ENST00000331224 1324 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 FECH-202ENST00000382873 2526 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 FLI1-207ENST00000534087 3859 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 C7orf72-201ENST00000297001 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 SLC26A11-202ENST00000411502 2872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
BDNFP23560 ROBO1-209ENST00000495273 5600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
BDNFP23560 ITFG1-201ENST00000320640 3400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
BDNFP23560 AIFM2-202ENST00000373248 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
BDNFP23560 AL928970.1-201ENST00000422679 2923 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
BDNFP23560 AC011899.2-202ENST00000438047 4302 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
BDNFP23560 ARHGEF7-204ENST00000375736 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
BDNFP23560 MAPK7-202ENST00000308406 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
BDNFP23560 EML1-201ENST00000262233 4535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
BDNFP23560 XK-201ENST00000378616 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
BDNFP23560 SCYL1-201ENST00000270176 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
BDNFP23560 DUS2-201ENST00000358896 1933 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
BDNFP23560 INTS11-248ENST00000545578 2263 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
BDNFP23560 SLC25A38-201ENST00000273158 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
BDNFP23560 OXA1L-202ENST00000358043 1750 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
BDNFP23560 HMOX2-204ENST00000414777 1752 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
BDNFP23560 LINC01671-201ENST00000419628 1775 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
BDNFP23560 OGFRL1-201ENST00000370435 8391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
BDNFP23560 ZNF683-201ENST00000349618 1610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
BDNFP23560 ATG5-201ENST00000343245 3092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
BDNFP23560 RHOH-220ENST00000615083 2156 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
BDNFP23560 UQCRQ-203ENST00000378670 839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
BDNFP23560 AL157373.2-201ENST00000437559 784 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
BDNFP23560 LINC00431-201ENST00000440735 1189 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
BDNFP23560 MSRA-203ENST00000441698 788 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
BDNFP23560 ST13P19-201ENST00000442505 1124 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.8 ms