Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 C3-201ENST00000245907 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 CADM1-204ENST00000536727 3520 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 LRP10-201ENST00000359591 6886 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 ZNF331-217ENST00000512387 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 STXBP1-201ENST00000373299 3765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 ANKRD44-203ENST00000409153 2724 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 KRTAP1-4-201ENST00000377747 408 ntAPPRIS P1 BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 MAGEA12-203ENST00000393900 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 SNCA-205ENST00000394991 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 TEN1-201ENST00000397640 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 LHX6-205ENST00000464484 666 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 AC012531.3-201ENST00000513209 777 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 AP001582.1-201ENST00000525856 295 ntBASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 CARHSP1-203ENST00000561530 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 CLUHP6-201ENST00000580789 941 ntBASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 VAT1-205ENST00000587173 1174 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 AC133539.2-201ENST00000604757 467 ntBASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 AC005391.1-201ENST00000613285 341 ntTSL 3 BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 PRSS30P-206ENST00000641773 873 ntBASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 NHS-201ENST00000380060 8761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 PPL-201ENST00000345988 6238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 DCAF8L2-203ENST00000545306 2013 ntAPPRIS P1 BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 PLEKHG2-206ENST00000458508 3898 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 AC007663.2-201ENST00000506039 2228 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 F8-201ENST00000330287 2620 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 GPA33-201ENST00000367868 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 IMMT-204ENST00000410111 3001 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 SLC26A6-213ENST00000455886 2460 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 ETV7-201ENST00000339796 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 BCS1L-203ENST00000392110 1525 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 LINC00924-202ENST00000556053 2682 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 KRT36-202ENST00000393986 1707 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 AGAP5-201ENST00000374094 2394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 AL365181.3-201ENST00000605886 3222 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 AC015802.1-201ENST00000588104 1449 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 AC108134.1-201ENST00000382225 3061 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 EPN2-205ENST00000395626 2863 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 DBNDD1-203ENST00000392973 2689 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 PLEKHB2-205ENST00000409279 2488 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 MBD4-204ENST00000503197 2099 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 SNUPN-206ENST00000564675 1682 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 LPO-203ENST00000421678 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 SDC2-201ENST00000302190 3759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 RPUSD4-201ENST00000298317 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 CIB3-201ENST00000269878 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 NSL1-201ENST00000366976 722 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 MRPS6-201ENST00000399312 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 PES1-204ENST00000402284 2144 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 SOCS2P1-201ENST00000417727 557 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 AC114730.3-201ENST00000435195 584 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 CXorf40A-211ENST00000450602 1204 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 AC078785.1-203ENST00000467342 573 ntTSL 4 BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 AL132639.3-201ENST00000556537 530 ntTSL 4 BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 AC027575.2-201ENST00000585258 1295 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 DBI-211ENST00000627093 554 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 AL031056.2-201ENST00000637957 1217 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 SCAMP5-202ENST00000425597 3411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 C1orf43-206ENST00000368521 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 RRM2B-211ENST00000621845 3483 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 RSPH3-201ENST00000252655 2175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 HOGA1-203ENST00000370647 1999 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 TDRKH-204ENST00000368825 2651 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 P2RY4-201ENST00000374519 1595 ntAPPRIS P1 BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 GOLGA6L2-201ENST00000312015 1379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 TEAD4-203ENST00000397122 1396 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 LILRP1-201ENST00000444199 1370 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 SLC25A3-217ENST00000552981 1351 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 C21orf59-203ENST00000382549 2503 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 TM9SF1-202ENST00000396854 2055 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 FAM118A-201ENST00000216214 3458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 UCP3-202ENST00000426995 1406 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 NEDD1-213ENST00000557644 2367 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 SSTR3-201ENST00000610913 4100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 CTIF-202ENST00000382998 4407 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 EHF-210ENST00000531794 1481 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 MBD1-224ENST00000591416 4905 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 MLST8-201ENST00000301724 1735 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 CTNNBL1-209ENST00000621317 1990 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 AC004754.1-201ENST00000600536 2242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 CACNG5-201ENST00000307139 926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 FOXR1-201ENST00000317011 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 KRTAP10-1-201ENST00000400375 1215 ntAPPRIS P1 BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 AC090735.1-201ENST00000523881 488 ntTSL 4 BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 AC004233.1-201ENST00000570515 608 ntTSL 4 BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 MIR3197-201ENST00000582241 73 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 IRF2BP2-201ENST00000366609 4663 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 SMARCA2-203ENST00000349721 5761 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 ARNT2-209ENST00000622346 2932 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 AFF4-201ENST00000265343 9552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 ATP2B3-202ENST00000349466 4280 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 NEU3-206ENST00000532963 1643 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 ANKHD1-202ENST00000297183 7606 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 NAA60-202ENST00000407558 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 SP6-202ENST00000536300 3848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 HFE-202ENST00000317896 1922 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 AL031728.1-201ENST00000449034 2479 ntTSL 3 BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 PDE2A-218ENST00000540345 3027 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 ZNF274-210ENST00000610905 2559 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.46
BRPF3Q9ULD4 COQ8A-203ENST00000366779 5523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.6 ms