Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 LINC01107-201ENST00000446979 1975 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 DUOXA1-210ENST00000559014 1965 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 PIP5K1A-202ENST00000368888 2134 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 ZNF557-201ENST00000252840 2268 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 EID1-201ENST00000530028 2298 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 LINC00552-201ENST00000625151 2579 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 EFNB1-201ENST00000204961 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 PPIE-203ENST00000372830 1198 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 IGHV3-13-201ENST00000390602 430 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 HNRNPA1P41-201ENST00000397777 928 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 LINC01006-204ENST00000435354 545 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC012441.2-201ENST00000444843 739 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AATBC-203ENST00000448247 1889 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC012618.1-201ENST00000461223 412 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 PMP22-206ENST00000494511 872 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 ALG3P1-201ENST00000508806 1114 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC245884.6-201ENST00000515672 1067 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC024681.1-201ENST00000521917 487 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 LINC01848-201ENST00000523446 518 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 TMEM41B-204ENST00000528080 3968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC239802.2-201ENST00000532137 554 ntTSL 4 BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 CCDC86-203ENST00000545580 697 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AL928654.3-201ENST00000552675 445 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC025259.3-202ENST00000564363 687 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 FGFR3P5-201ENST00000564496 886 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 SYT17-208ENST00000568433 812 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 CIAPIN1-213ENST00000569370 1559 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 FBXL12-212ENST00000592067 879 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC106872.11-201ENST00000605838 421 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AF254983.2-201ENST00000612331 135 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 CU633904.3-201ENST00000624042 1029 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 RPTOR-202ENST00000544334 5734 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 KCP-203ENST00000610776 5108 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 C9orf47-201ENST00000334490 4829 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 UBE2D3-207ENST00000394801 2368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 FAM8A1-201ENST00000259963 4677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 SLCO6A1-207ENST00000513675 1611 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 TBC1D2-201ENST00000342112 3046 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 NUP93-201ENST00000308159 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AL669918.1-201ENST00000452392 2705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 DUSP13-208ENST00000478873 1335 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 SEMA4F-210ENST00000611975 6007 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 RPTOR-203ENST00000570891 2286 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 EVA1A-202ENST00000393913 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 DHCR7-202ENST00000407721 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 ADGRA1-AS1-202ENST00000444433 2646 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 KIAA1468-202ENST00000398130 6178 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 FGD5-AS1-202ENST00000424349 3792 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 LARGE1-201ENST00000354992 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 PCK2-203ENST00000545054 2505 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 KIF1C-201ENST00000320785 7919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 RNFT2-203ENST00000392549 2896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 RHD-202ENST00000342055 1557 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 ARHGEF16-203ENST00000378378 3061 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 ITSN2-203ENST00000406921 4563 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 ZNF18-201ENST00000322748 2767 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 SLC25A26-201ENST00000336733 1023 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 NRM-202ENST00000376420 1228 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC080129.2-201ENST00000418353 430 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AL121901.1-201ENST00000419613 366 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AL645933.1-201ENST00000440087 609 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AL139412.1-202ENST00000452465 675 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 NUP210P1-202ENST00000504322 710 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 PRSS30P-205ENST00000506153 699 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 LEF1-AS1-204ENST00000508266 559 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 UCHL1-207ENST00000508768 827 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 SNHG14-213ENST00000551077 638 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC009779.1-201ENST00000551138 283 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 CDIP1-202ENST00000562334 1205 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC023824.4-202ENST00000569557 849 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 C20orf141-202ENST00000603872 580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 PDE7A-203ENST00000401827 3673 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 FP565260.6-204ENST00000620528 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 ATXN2L-202ENST00000336783 4367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 MYADM-202ENST00000391768 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 WDR83-201ENST00000418543 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 ZNF286A-218ENST00000583566 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 TBRG4-215ENST00000494076 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 ALDH1B1-201ENST00000377698 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 UBTF-204ENST00000436088 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AKAP1-201ENST00000314126 2380 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 ZNF846-201ENST00000397902 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 FGD5-206ENST00000543601 5768 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 NTRK2-201ENST00000277120 8633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 TBC1D3G-201ENST00000569055 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 TBC1D3H-201ENST00000610350 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 TBC1D3L-202ENST00000617678 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 ILF2-205ENST00000615950 1906 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 CCDC51-201ENST00000395694 1560 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 CCDC22-201ENST00000376227 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 JPH4-205ENST00000622501 3489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 TAF6-201ENST00000344095 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 TIMP2-201ENST00000262768 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 DNAJC14-201ENST00000317269 3330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 USP19-205ENST00000398898 4474 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 CRHR2-202ENST00000348438 1600 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 EXOG-201ENST00000287675 2792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 TMTC1-207ENST00000552618 3915 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 TBPL2-201ENST00000247219 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 RALGDS-201ENST00000372047 3598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.3 ms