Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP3Q9Y6I4 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.3 ms