Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
VPS28Q9UK41 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS28Q9UK41 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.1 ms