Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
KLHL28Q9NXS3 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 90.8 ms