Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CHMP4CQ96CF2 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CHMP4CQ96CF2 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CHMP4CQ96CF2 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CHMP4CQ96CF2 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CHMP4CQ96CF2 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CHMP4CQ96CF2 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CHMP4CQ96CF2 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CHMP4CQ96CF2 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CHMP4CQ96CF2 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CHMP4CQ96CF2 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CHMP4CQ96CF2 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CHMP4CQ96CF2 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CHMP4CQ96CF2 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CHMP4CQ96CF2 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CHMP4CQ96CF2 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CHMP4CQ96CF2 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CHMP4CQ96CF2 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CHMP4CQ96CF2 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CHMP4CQ96CF2 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CHMP4CQ96CF2 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CHMP4CQ96CF2 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CHMP4CQ96CF2 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CHMP4CQ96CF2 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
CHMP4CQ96CF2 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CHMP4CQ96CF2 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
CHMP4CQ96CF2 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms