Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.2 ms