Protein–RNA interactions for Protein: Q53F19

NCBP3, Nuclear cap-binding protein subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 620 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NCBP3Q53F19 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC29.88■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC29.88■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC29.87■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC29.86■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.84■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.84■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC29.84■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC29.84■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.83■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC29.83■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC29.83■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC29.82■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC29.81■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.81■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC29.81■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC29.8■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.8■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.78■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 IFNA4-201ENST00000421715 978 ntAPPRIS P1 BASIC29.78■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC29.78■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 AL035078.1-201ENST00000531962 820 ntTSL 5 BASIC29.78■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.78■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.78■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.77■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC29.77■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC29.77■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC29.77■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC29.77■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC29.77■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC29.77■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC29.77■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC29.77■■■□□ 2.36
NCBP3Q53F19 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
NCBP3Q53F19 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
NCBP3Q53F19 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
NCBP3Q53F19 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.76■■■□□ 2.35
NCBP3Q53F19 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
NCBP3Q53F19 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
NCBP3Q53F19 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
NCBP3Q53F19 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
NCBP3Q53F19 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
NCBP3Q53F19 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
NCBP3Q53F19 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
NCBP3Q53F19 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
NCBP3Q53F19 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
NCBP3Q53F19 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
NCBP3Q53F19 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
NCBP3Q53F19 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
NCBP3Q53F19 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC29.74■■■□□ 2.35
NCBP3Q53F19 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.74■■■□□ 2.35
NCBP3Q53F19 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
NCBP3Q53F19 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.74■■■□□ 2.35
NCBP3Q53F19 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
NCBP3Q53F19 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC29.74■■■□□ 2.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.3 ms