Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC34.76■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.75■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.75■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC34.74■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC34.73■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.72■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC34.72■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC34.72■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC34.72■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC34.72■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC34.71■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC34.71■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC34.71■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC34.71■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC34.71■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC34.71■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC34.7■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC34.7■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC34.7■■■■□ 3.15
TCOF1Q13428 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC34.69■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC34.69■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC34.69■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC34.69■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC34.69■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC34.69■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC34.68■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC34.68■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC34.68■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC34.68■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC34.68■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC34.68■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC34.68■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC34.68■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.67■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC34.67■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC34.67■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC34.65■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC34.65■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.65■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.65■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC34.65■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC34.65■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.64■■■■□ 3.14
TCOF1Q13428 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC34.63■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.63■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC34.63■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC34.63■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC34.63■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC34.63■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC34.63■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
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