Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

Predictions only

Length 867 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SP140Q13342 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SP140Q13342 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SP140Q13342 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SP140Q13342 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SP140Q13342 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SP140Q13342 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SP140Q13342 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SP140Q13342 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SP140Q13342 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SP140Q13342 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SP140Q13342 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SP140Q13342 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SP140Q13342 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SP140Q13342 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
SP140Q13342 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
SP140Q13342 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SP140Q13342 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SP140Q13342 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SP140Q13342 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SP140Q13342 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SP140Q13342 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SP140Q13342 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SP140Q13342 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SP140Q13342 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SP140Q13342 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SP140Q13342 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SP140Q13342 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SP140Q13342 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SP140Q13342 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SP140Q13342 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SP140Q13342 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SP140Q13342 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SP140Q13342 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SP140Q13342 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SP140Q13342 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SP140Q13342 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SP140Q13342 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SP140Q13342 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SP140Q13342 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SP140Q13342 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SP140Q13342 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SP140Q13342 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SP140Q13342 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SP140Q13342 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SP140Q13342 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SP140Q13342 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SP140Q13342 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SP140Q13342 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SP140Q13342 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SP140Q13342 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SP140Q13342 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SP140Q13342 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SP140Q13342 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SP140Q13342 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SP140Q13342 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SP140Q13342 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
SP140Q13342 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SP140Q13342 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SP140Q13342 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SP140Q13342 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SP140Q13342 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SP140Q13342 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
SP140Q13342 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SP140Q13342 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SP140Q13342 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SP140Q13342 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SP140Q13342 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SP140Q13342 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SP140Q13342 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SP140Q13342 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SP140Q13342 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SP140Q13342 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SP140Q13342 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SP140Q13342 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SP140Q13342 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SP140Q13342 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SP140Q13342 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SP140Q13342 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SP140Q13342 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SP140Q13342 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SP140Q13342 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SP140Q13342 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SP140Q13342 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SP140Q13342 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SP140Q13342 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
SP140Q13342 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SP140Q13342 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SP140Q13342 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SP140Q13342 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SP140Q13342 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SP140Q13342 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SP140Q13342 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SP140Q13342 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SP140Q13342 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
SP140Q13342 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SP140Q13342 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SP140Q13342 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
SP140Q13342 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SP140Q13342 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.2 ms