Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.15
SHMT2P34897 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.3 ms