Protein–RNA interactions for Protein: O75112

LDB3, LIM domain-binding protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDB3O75112 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LDB3O75112 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LDB3O75112 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LDB3O75112 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LDB3O75112 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LDB3O75112 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
LDB3O75112 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
LDB3O75112 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LDB3O75112 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
LDB3O75112 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LDB3O75112 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LDB3O75112 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LDB3O75112 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LDB3O75112 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LDB3O75112 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LDB3O75112 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LDB3O75112 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LDB3O75112 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LDB3O75112 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LDB3O75112 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LDB3O75112 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LDB3O75112 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LDB3O75112 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LDB3O75112 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LDB3O75112 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LDB3O75112 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LDB3O75112 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LDB3O75112 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LDB3O75112 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LDB3O75112 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LDB3O75112 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LDB3O75112 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LDB3O75112 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LDB3O75112 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LDB3O75112 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LDB3O75112 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LDB3O75112 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LDB3O75112 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LDB3O75112 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LDB3O75112 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LDB3O75112 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LDB3O75112 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LDB3O75112 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LDB3O75112 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LDB3O75112 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LDB3O75112 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LDB3O75112 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LDB3O75112 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LDB3O75112 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LDB3O75112 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LDB3O75112 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LDB3O75112 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LDB3O75112 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
LDB3O75112 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LDB3O75112 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LDB3O75112 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LDB3O75112 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LDB3O75112 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LDB3O75112 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LDB3O75112 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LDB3O75112 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LDB3O75112 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LDB3O75112 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LDB3O75112 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LDB3O75112 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
LDB3O75112 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
LDB3O75112 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
LDB3O75112 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LDB3O75112 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LDB3O75112 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LDB3O75112 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LDB3O75112 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LDB3O75112 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LDB3O75112 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LDB3O75112 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LDB3O75112 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LDB3O75112 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LDB3O75112 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
LDB3O75112 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LDB3O75112 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LDB3O75112 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LDB3O75112 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LDB3O75112 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LDB3O75112 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
LDB3O75112 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
LDB3O75112 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
LDB3O75112 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
LDB3O75112 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LDB3O75112 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LDB3O75112 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LDB3O75112 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LDB3O75112 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LDB3O75112 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LDB3O75112 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LDB3O75112 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LDB3O75112 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LDB3O75112 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LDB3O75112 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LDB3O75112 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LDB3O75112 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms