Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 ASAH1-249ENST00000637528 2215 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 BRAT1-201ENST00000340611 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 CD59-201ENST00000351554 1775 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 LTF-202ENST00000417439 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 NBPF3-205ENST00000454000 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AL109954.1-202ENST00000564051 2148 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 CHSY3-201ENST00000305031 3850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 SEPT8-206ENST00000378706 4168 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 SEC24D-202ENST00000419654 2786 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 MINDY1-201ENST00000312210 2400 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 MYBPHL-201ENST00000357155 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 GNAO1-205ENST00000563661 1351 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 RND2-202ENST00000587250 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AC074117.1-201ENST00000447070 3060 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 FARS2-202ENST00000324331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 C11orf16-202ENST00000525780 1685 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 PAUPAR-201ENST00000630360 2965 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AC112484.1-201ENST00000508239 2291 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 PUS10-202ENST00000398658 1227 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ACTG2-204ENST00000409918 927 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 TRPM2-AS-201ENST00000423310 586 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AC098934.1-203ENST00000442868 1262 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 RPL35P9-201ENST00000446059 350 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 PRR7-AS1-204ENST00000514846 543 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ZNF268-210ENST00000541211 781 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 PGPEP1-203ENST00000595066 762 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AL133467.4-201ENST00000602953 725 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 NOP16-211ENST00000621444 954 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 PAK1-201ENST00000278568 2543 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 SYT6-201ENST00000369547 4369 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 HOGA1-202ENST00000370646 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 CANX-201ENST00000247461 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 CYP20A1-203ENST00000429815 1812 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 TRMT10B-207ENST00000537911 2108 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 CLN5-208ENST00000636183 6664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ABCB6-201ENST00000265316 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 LILRA2-203ENST00000391737 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 SESN1-204ENST00000436639 3509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 HS6ST2-204ENST00000521489 2607 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 VARS2-212ENST00000542001 4064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 MBD1-224ENST00000591416 4905 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 MINDY4B-201ENST00000465419 1383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 GLOD4-203ENST00000536578 2497 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 GNAL-202ENST00000334049 6535 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 FGD4-203ENST00000472289 1629 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AL591122.2-201ENST00000624125 1853 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 STAG3L2-201ENST00000426587 2130 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 MAGED4B-207ENST00000485287 2618 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 GAS7-203ENST00000432992 4970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 JAK3-201ENST00000458235 5432 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 POLR2L-201ENST00000322028 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 PMF1-202ENST00000368277 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 SAT1-201ENST00000379251 801 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 SAT1-202ENST00000379253 909 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 SAT1-203ENST00000379254 868 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 SAT1-204ENST00000379270 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 BAX-205ENST00000391871 687 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 CXCL12-205ENST00000395794 1052 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 TMEM216-202ENST00000398979 908 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 GSTT2B-202ENST00000404172 819 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 RLN3-201ENST00000431365 580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 PRRC2B-207ENST00000458550 899 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 DMKN-229ENST00000467637 827 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AC093909.3-201ENST00000504783 336 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AC095040.1-201ENST00000513286 675 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 PRB3-202ENST00000538488 1283 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AC005586.2-201ENST00000563946 837 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AC020636.2-201ENST00000569170 1189 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 SKA2-205ENST00000580541 689 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ADGRE3-204ENST00000595472 486 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AC011471.3-201ENST00000623576 402 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 SLC12A5-219ENST00000628272 401 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 OXA1L-202ENST00000358043 1750 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 TBC1D3P5-202ENST00000581469 2513 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ZSCAN2-214ENST00000546148 2242 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 MPC2-202ENST00000367846 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 TRIM3-215ENST00000639856 2137 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ANKMY2-201ENST00000306999 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ANKRD24-202ENST00000318934 3906 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 FAM90A21P-201ENST00000510875 1396 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 FAM90A15P-201ENST00000514465 1395 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 FAM90A6P-201ENST00000515148 1394 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 FAM90A16P-201ENST00000526662 1395 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 FAM90A9P-201ENST00000527940 1395 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 FAM90A5P-201ENST00000528738 1395 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 FAM90A14P-201ENST00000530386 1395 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 FAM90A13P-201ENST00000534703 1395 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AHRR-201ENST00000316418 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 LYNX1-206ENST00000621401 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 SMAP1-202ENST00000370452 2491 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ZNF382-202ENST00000423582 2657 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 TDRD10-201ENST00000368480 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 CDC25C-207ENST00000513970 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 SDC4-201ENST00000372733 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 PARN-202ENST00000420015 2360 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 TMEM117-201ENST00000266534 2758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 IL17B-201ENST00000261796 696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 79.2 ms