Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 INGX-202ENST00000489074 768 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 LINC01585-201ENST00000500496 1295 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AL391280.1-201ENST00000506969 1062 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 API5-211ENST00000534695 560 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 IL32-234ENST00000552936 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AC009486.1-201ENST00000569860 813 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 WFDC1-204ENST00000613603 549 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ENPP7P14-201ENST00000621765 1040 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 TRIM67-202ENST00000444294 9320 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PATL2-208ENST00000560780 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PCDHGA3-203ENST00000619750 2695 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ELOA-204ENST00000613537 4924 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ZBED1-202ENST00000381222 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 RPS6KA4-201ENST00000334205 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PROM2-203ENST00000403131 2922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 CETP-203ENST00000566128 1733 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 MAGEA2-204ENST00000611674 1728 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 SLC41A1-201ENST00000367137 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 TUBB8P4-201ENST00000511806 1324 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ENO3-206ENST00000519584 1322 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 CBX6-201ENST00000216083 3191 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 WNT2B-202ENST00000369684 3818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 MAGEA4-202ENST00000360243 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 MAGEA4-203ENST00000370335 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 MAGEA4-204ENST00000370340 1773 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 EBP-205ENST00000495186 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 RTFDC1-203ENST00000395881 1572 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 SHCBP1-201ENST00000303383 3461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 RAB6C-201ENST00000410061 3075 ntAPPRIS P1 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 CDC25B-205ENST00000439880 3096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 GDAP1L1-206ENST00000537864 2855 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 RPA3-201ENST00000223129 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 FAM124B-201ENST00000243806 2030 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ZNF77-201ENST00000314531 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AC111170.3-201ENST00000624282 2464 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ZBTB7B-207ENST00000535420 3777 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 DDX20-201ENST00000369702 4212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AL157996.1-201ENST00000624684 2299 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 KIAA0368-201ENST00000259335 7391 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 CXCL12-201ENST00000343575 1857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 C18orf25-206ENST00000619301 5264 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 NCBP2-204ENST00000427641 1946 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ETV4-202ENST00000393664 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 SYNPO2L-202ENST00000394810 4921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 MSTO2P-201ENST00000314835 1709 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 OGDH-204ENST00000443864 1744 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 NXT2-202ENST00000372103 1085 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 RTN4RL2-202ENST00000395120 582 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 HSPC324-201ENST00000411904 557 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PUDPP3-201ENST00000445368 636 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 FTLP10-202ENST00000505798 471 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AP001107.3-201ENST00000534065 544 ntTSL 4 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AC138123.2-203ENST00000552451 653 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AC010327.1-201ENST00000587871 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AC145423.3-201ENST00000615987 467 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PLEKHB2-206ENST00000409612 2210 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 L3MBTL1-206ENST00000427442 3157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AP003555.1-202ENST00000511013 1755 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 NOX5-209ENST00000530406 2289 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 VGLL4-202ENST00000413604 1554 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 TRIM50-202ENST00000453152 1599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PPP1R26P4-201ENST00000619065 3527 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 CAMKV-202ENST00000463537 2818 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 CALCOCO2-211ENST00000508679 1396 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 FAM118B-210ENST00000627851 1862 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 CACNA1G-205ENST00000360761 7497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 DNAJC14-203ENST00000357606 3416 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ADAM15-209ENST00000449910 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 SELENON-203ENST00000374315 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 CDH23-202ENST00000299366 3954 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 GLIS2-202ENST00000433375 3705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 FOS-202ENST00000535987 1402 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AP000593.2-201ENST00000542775 1433 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ASB3-201ENST00000263634 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 CCND3-201ENST00000372987 2233 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 APOLD1-201ENST00000326765 4724 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ZSWIM8-201ENST00000398706 6062 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 MAMLD1-203ENST00000370401 4854 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 COG3-206ENST00000617493 1809 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 EEF1B2-201ENST00000236957 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PLK2-201ENST00000274289 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ADAMTSL1-208ENST00000380570 931 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PABPN1L-202ENST00000419291 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 TREML1-202ENST00000426005 981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 COX14-203ENST00000550487 739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ZNF180-204ENST00000586637 1023 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AC044839.1-204ENST00000634777 1058 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ABBA01031660.1-201ENST00000635219 756 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AGAP10P-201ENST00000454844 2418 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 APBB1-220ENST00000609331 1574 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 HSDL2-202ENST00000398805 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AC064801.2-201ENST00000625052 1303 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PRSS16-203ENST00000421826 1949 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 GP6-202ENST00000333884 2210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 IFNAR2-202ENST00000342136 2899 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 HIST2H2BF-201ENST00000369167 1954 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 TP53INP1-201ENST00000342697 5638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 RBL1-201ENST00000344359 3225 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ARHGAP4-201ENST00000350060 3235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 88.4 ms