Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 SCAF11-204ENST00000395454 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 POU5F1B-201ENST00000465342 5360 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 FKBP6-201ENST00000252037 1500 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 CTCFL-210ENST00000481655 1512 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 TLX1NB-202ENST00000445873 1862 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 LINC00691-201ENST00000432505 2232 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 AC104758.3-201ENST00000563349 1453 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 FSD1L-206ENST00000481272 1804 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 UBE3B-202ENST00000342494 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 HORMAD1-201ENST00000322343 1771 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 ASB3-202ENST00000394717 1734 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 BAG4-201ENST00000287322 4453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 CICP23-201ENST00000605013 2741 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 NOX3-201ENST00000159060 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 RTEL1-201ENST00000318100 4676 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 SPN-201ENST00000360121 6894 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 C5orf30-202ENST00000510890 2933 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 CYP51A1-201ENST00000003100 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 TPRKB-202ENST00000318190 819 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 KNCN-202ENST00000396314 608 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 SERF2-209ENST00000409646 559 ntTSL 4 BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 RPL18P13-201ENST00000478088 569 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 AC097103.2-206ENST00000514729 588 ntTSL 4 BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 AC022217.1-201ENST00000521069 738 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 AP003065.1-201ENST00000540912 562 ntTSL 4 BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 RHOQP1-201ENST00000555758 579 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 AC010323.1-201ENST00000598884 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 AL645939.5-201ENST00000606834 243 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 ZCCHC4-206ENST00000612982 938 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 AL023803.2-201ENST00000620080 638 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 LRWD1-209ENST00000626402 138 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 AC004923.1-202ENST00000642106 209 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 MEN1-207ENST00000377326 3150 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 TMCO5B-204ENST00000529696 1568 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 TM4SF19-AS1-203ENST00000452051 1829 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 A1BG-AS1-204ENST00000595302 2130 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 FAM160A2-203ENST00000524416 3327 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 SEPT12-201ENST00000268231 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 AC020659.1-201ENST00000309874 2900 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 FKBP5-201ENST00000357266 3772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 PARP10-201ENST00000313028 3497 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 AC007686.3-201ENST00000619017 3487 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 MTA3-203ENST00000406652 5484 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 MAGEA2B-202ENST00000370293 1714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 CENPK-202ENST00000396679 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 MARS-233ENST00000628866 2583 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 ITFG1-201ENST00000320640 3400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 ACOT7-203ENST00000377845 1432 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 API5-203ENST00000455725 2257 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 RASGRF2-206ENST00000638442 2842 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 AC244394.1-201ENST00000435000 1665 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 C7orf33-201ENST00000307003 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 KCNG4-202ENST00000568181 2199 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 NRBF2-201ENST00000277746 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 LINC01101-201ENST00000622953 1884 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 COL25A1-201ENST00000399126 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 AL928970.1-201ENST00000422679 2923 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 NEK5-204ENST00000617045 2127 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 MCHR2-202ENST00000369212 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 PTBP1-204ENST00000394601 3185 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 MAGEA8-205ENST00000542674 2084 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 PRKD2-201ENST00000291281 3070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 TTC28-AS1-207ENST00000428584 5859 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 NPPA-201ENST00000376476 728 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 TXNRD3NB-202ENST00000383572 1131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 RPL13A-201ENST00000391857 1181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 ACTG1P2-201ENST00000415776 1125 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 AC007731.4-201ENST00000420225 652 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 ACTG1P11-201ENST00000425411 1125 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 MIR663AHG-201ENST00000427348 1213 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 AC016825.1-201ENST00000433600 778 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 KLK11-204ENST00000453757 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 FAM153B-214ENST00000512862 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 FAM86B1-218ENST00000534520 808 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 MRPL51-202ENST00000537701 601 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 RANGRF-205ENST00000580434 749 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 ZNF586-206ENST00000599802 581 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 AC243967.2-201ENST00000601409 567 ntTSL 4 BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 LINC01233-203ENST00000601708 494 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 TSC1-202ENST00000403810 1507 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 CALCR-203ENST00000394441 1774 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 WSCD1-201ENST00000317744 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 ZC3H14-204ENST00000336693 2007 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 TTC13-201ENST00000366661 3253 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 GLT1D1-201ENST00000281703 2725 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 FBXO5-202ENST00000367241 2221 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 DRC7-201ENST00000336825 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 LINC00917-207ENST00000601556 2618 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 TMEM139-201ENST00000359333 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 ACOT7-210ENST00000608083 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 CPSF7-205ENST00000439958 3524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 SNCAIP-207ENST00000504884 1885 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 AIFM2-202ENST00000373248 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 TJAP1-207ENST00000436109 2572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 LMX1B-201ENST00000355497 5809 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 UBC-205ENST00000536769 3745 ntAPPRIS P1 BASIC17.29■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 GPER1-201ENST00000297469 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 ARSE-206ENST00000545496 2506 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 ARIH2-205ENST00000449376 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
NUP88Q99567 SYTL3-205ENST00000611299 2896 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.6 ms