Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 STOML1-206ENST00000561656 1833 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 ZNF286A-218ENST00000583566 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 GCKR-201ENST00000264717 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 FASTKD5-201ENST00000380266 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 AC068946.1-202ENST00000318673 2745 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 PCBP1-AS1-214ENST00000419542 1309 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 MAEA-207ENST00000505177 1340 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 EFHC1-212ENST00000635984 3293 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 PNPLA3-203ENST00000423180 2222 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 CNKSR1-201ENST00000361530 2625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 ADRA2A-201ENST00000280155 3745 ntAPPRIS P1 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 DUS2-201ENST00000358896 1933 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 EPHB4-201ENST00000358173 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 CACNB3-201ENST00000301050 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 CBX3-201ENST00000337620 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 BTBD8-201ENST00000342818 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 KRT8P31-201ENST00000504812 1408 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 LINC00905-203ENST00000588838 1414 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 DGAT1-206ENST00000528718 3711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 KRTAP19-5-201ENST00000334151 461 ntAPPRIS P1 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 CHCHD2-201ENST00000395422 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 HDDC2-202ENST00000398153 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 GSTP1-201ENST00000398603 700 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 AC254562.2-201ENST00000428786 667 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 AC012362.1-201ENST00000434906 739 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 ZNF529-AS1-201ENST00000448373 1004 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 DUX4L50-201ENST00000455245 715 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 RPS6KA2-AS1-201ENST00000455390 627 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 BUD31-205ENST00000456893 512 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 GLYCTK-204ENST00000471180 992 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 AC011462.2-201ENST00000598887 344 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 ATRAID-207ENST00000606999 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 AC009560.1-201ENST00000620208 434 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 PSG4-203ENST00000433626 1887 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 PIDD1-202ENST00000411829 2886 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 PHKA1-205ENST00000541944 5944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 NEK5-204ENST00000617045 2127 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 CRTC3-202ENST00000420329 5209 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 MASTL-203ENST00000375946 3623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 PPT1-205ENST00000449045 1957 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 RCC1-201ENST00000373831 1577 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 PHF12-205ENST00000577226 7679 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 NDUFB6-203ENST00000379847 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 TCL1A-203ENST00000554012 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 SLC35A3-209ENST00000638338 2890 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 MAGEA2-203ENST00000611557 2024 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 KRT77-201ENST00000341809 3305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 IRF9-202ENST00000396864 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 TMPRSS4-201ENST00000437212 2074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 KAT5-216ENST00000534650 1875 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 STAT5A-201ENST00000345506 4301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 PACSIN2-201ENST00000263246 3249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 ABI2-215ENST00000430418 1676 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 LETMD1-201ENST00000262055 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 LETMD1-203ENST00000418425 2123 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 DMTN-204ENST00000415253 2394 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 ISCA2-204ENST00000556816 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 FCGBP-203ENST00000620799 4926 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 CBWD5-204ENST00000377392 2863 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 INSC-208ENST00000530161 1702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 SPACA3-201ENST00000269053 817 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 RPS9-204ENST00000391753 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 ZNF226-203ENST00000413984 716 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 SAPCD1-208ENST00000415669 916 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 LINC00466-203ENST00000436475 1059 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 HVCN1-203ENST00000439744 1215 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 MRPL22P1-201ENST00000505398 616 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 SPACA3-205ENST00000580599 949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 PLIN5-202ENST00000586133 907 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 BCL2L12-204ENST00000594157 620 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 AL161773.1-201ENST00000624845 863 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 ZNF417-203ENST00000595559 1975 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 GGACT-202ENST00000455100 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 LINC01671-201ENST00000419628 1775 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 SRPX-205ENST00000538295 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 INTS11-248ENST00000545578 2263 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 KRT18P9-201ENST00000604826 1300 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 ASB10-201ENST00000275838 1820 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 HM13-201ENST00000335574 1809 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 PMM2-201ENST00000268261 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 TPD52L2-205ENST00000352482 2339 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 TPD52L2-210ENST00000615907 2310 ntTSL 4 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 MTA2-201ENST00000278823 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 CACNA1B-206ENST00000371372 9790 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 PKN2-201ENST00000316005 2632 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 AC109466.1-209ENST00000486913 1618 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 PCBP2-215ENST00000549863 1619 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 PDE1B-201ENST00000243052 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 KRT15-201ENST00000254043 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 AC004922.1-201ENST00000638617 2430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 CERK-201ENST00000216264 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SYNE4Q8N205 PAX7-202ENST00000400661 1700 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.9 ms